在“艾利萨·彼得”号倾覆后，“柏林”号炮舰很快也遭到了厄运，法国巡洋舰“奥波尼阿特”号和“昂布斯卡德”号用大口径舰炮击沉了它，由于该舰下沉得太快，大部分舰员根本来不及逃生，只有舱面上的少数幸存者得以泅水上岸。
水面上的主要战斗结束后，孤拔下令舰队扫荡江面，准备进攻港区。恶战结束，江面上到处是漂浮的尸体和待救的落水者，停在港内的中立*舰立刻放下舢板，救援落水者。但杀红了眼的法*舰，此时却没有如此绅士了，各舰不断传出步枪射击的声音，在残酷地屠杀落入水中的普鲁士官兵，一位法国舰长这样回忆道：“水面上满是木块、折断的桅和船体的碎片，攀援在这些漂流破物上的是那些想法活命的可怜的普鲁士士兵，他们的头部浮出水面，像些小黑点。我们的水兵，自开战始即表现出了令人羡慕的精神和纪律，现在因战斗过于兴奋，要阻止他们对这些在水上漂流的黑点用枪射击，是非常困难的事。”
肃清水面后，法舰开始向岸上试探性射击，普军事前布署埋设在岸边的地雷，被法舰射击引爆，产生了剧烈爆炸。法*舰以为是普军炮兵在开火，因而开始集中炮击附近的普军炮台。
炮战至10时45分，普军的一处弹药库被击中，岸上又一次发生剧烈爆炸。11时，孤拔下令停止炮击，预备结束战斗。当法*舰的炮火稍一停歇，一队普军炮兵使用隐蔽炮台的克虏伯大炮开始向“海洋”号铁甲舰发起猛烈炮击，“海洋”号被击中，包括孤拔的副官莱威尔少校在内的5名法军官兵被击伤。孤拔大怒，下令集中火力轰击，那座英勇的普鲁士炮台很快被法军炮火压制，火炮全被摧毁，11时55分，炮声平息了下来。
在这场战斗中，普鲁士损失军舰7艘，1600余人阵亡，法舰无一损失，阵亡仅26人，受伤72人。
基尔港的水面战斗结束时，两艘法国巡洋舰“阿罗于德”号和“恩伯拉卡波”号不约而同的出现在港外，此二舰是在完成了作战任务后前来向孤拔报告战果并支援战斗的。
在孤拔率领快速支队主力进攻基尔港的同时，第一分队也赶到了亚德港展开了攻击，在亚德港驻守的是普鲁士海军“弗里德里希·卡尔”号铁甲舰，该舰排水量7043吨，拥有16门210毫米火炮，是普鲁士海军的主力舰之一，但它要面对的敌手是两艘强大的法国铁甲舰“赫罗英”号和“萨伏阿”号，“赫罗英”号和“萨伏阿”号是同级舰，排水量均为6070吨，拥有8门240毫米炮和3门190毫米炮；支援它们的“阿罗于德”号巡洋舰排水量1388吨，拥有9门150毫米炮，铁甲舰“阿米德”号排水量3569吨，拥有6门190毫米炮，无论是吨位和火力，法舰都占有绝对的优势。
第一分队到达亚德港后，指挥官利士比海军中校和孤拔在基尔港的做法如出一辙（都是一个师父教出来的），先以猛烈的炮火摧毁了港口处的普军岸防炮台，然后冲进港内。在得知法舰来袭后，“弗里德里希·卡尔”号铁甲舰及时起锚，并打算冲出港口，但却没能成功，为了预防普舰逃蹿，先行让铁甲舰“阿米德”号堵在了航道上，然后利士比海军中校率领两艘铁甲舰和一艘巡洋舰冲进港围攻“弗里德里希·卡尔”号，陷入围攻中的“弗里德里希·卡尔”号在舰长马克海军上校的带领下拼命抵抗，但无法抵挡法舰的优势炮火，在法国铁甲舰240毫米主炮的猛烈轰击下，“弗里德里希·卡尔”号很快化成了一堆燃烧的废铁。马克舰长在最后的关头开动战舰冲滩搁浅，在发现“弗里德里希·卡尔”号已经没有了抵抗力，舰上的官兵也都逃散了之后，为了节省炮弹，法国水兵乘坐小艇登上了“弗里德里希·卡尔”号，引爆了该舰的弹药库，将该舰彻底炸毁。
在最后料理了“弗里德里希·卡尔”号的残骸之后，法舰驶近岸边的位置，意外的发现这里停泊着大批古老的木质风帆战船，由于风向不对，这些风帆时代的老爷船一直被株守在岸边无法动弹，在看到“弗里德里希·卡尔”号被摧毁后，上面的普鲁士水手们一跑而光。法国人对付这些看起来如同工艺品一样的木头船，连打靶的兴趣都没有了，不想浪费炮弹的利士比干脆派出水兵乘座蒸汽舢舨上前，一艘接一艘的纵火焚烧起来，上演了一幕西方版的“火烧赤壁”。
“……普军各木帆船以风急不能行，坐以待毙，弁勇星散，法军水勇从容纵火燃之，烟焰冲天，延及岸上屋宇，大火三日不熄……”（《林义哲日记》）
在第一分队攻击亚德港的同时，第二分队在波特尔中校的带领下，对停泊在易北河口的普鲁士铁甲舰“阿米纽斯”号展开了攻击。
“阿米纽斯”号是一艘小型铁甲舰，排水量仅有1917吨，拥有两座双联装210毫米圆形主炮塔，以中线首尾布置，是普鲁士海军的第一艘铁甲舰。现被当成一艘岸防舰用于易北河口的防务。
值得注意的是，“阿米纽斯”号铁甲舰是普鲁士为了应付同丹麦的战争需要而从英国订购的，普丹战争中普鲁士取得了胜利，令丹麦人恨之入骨。此次法国海军进攻基尔的行动，理所当然的得到了丹麦海军的暗中支援。
当法国舰队到达易北河口时，“阿米纽斯”号铁甲舰正在巡逻，发现法舰之后，“阿米纽斯”号试图逃跑，但很快便被法舰追及，在面对排水量6420吨、拥有2门240毫米炮和10门190毫米炮的“科伦”号铁甲舰及排水量6220吨、拥有8门240毫米炮和4门190毫米炮的“复仇“号铁甲舰面前，“阿米纽斯”号没有丝毫取胜的希望，大约20分钟之后，“阿米纽斯”号便被打得从头到脚一片火海，不久便爆炸沉没了。在负责支援的老式铁甲舰“法兰德”号和巡洋舰“女妖”号赶到的时候，海面上仅剩下了“阿米纽斯”号的桅杆。
“海洋”号铁甲舰的甲板下住舱里，孤拔起草了给法国政府的报告，并准备了一份致参战各舰的褒奖令：
“普鲁士的士兵们在法兰西国土上的暴行，已经由你们在基尔的同伴和你们的勇敢报了仇，但法国要求一种更光彩的补偿，有了像你们这样勇敢的水兵，她可以获得一切。——孤拔”
摧毁了普鲁士海军的法*舰，艘艘都处在极度激昂的胜利者情绪中。只不过三色旗下，司令官孤拔望着眼前的景况，却在考虑另外的计划。
根据法国政府的命令，孤拔此战的真正任务是占领基尔港，为法国陆军的登陆扫清障碍。而歼灭普鲁士海军是为了攻占基尔的预先准备活动。
与那些突击冒进的法国陆军将领们不同，孤拔在指挥作战方面始终表现着稳健的风格，没有完全的把握，绝不会做冒险一博。仔细思索后，孤拔决定各舰集中火力猛烈炮击附近的普军炮台，“各舰以榴弹对岸上可疑目标及周围射击”。下午2时，在军舰炮火的掩护下，“郭罗阿斯”号和“絮尔弗兰特”号搭载的几十名登陆队官兵乘坐舢板，强行登岸，发现普军炮兵都已不知去向，于是将一座临时炮台内的4门克虏伯大炮当作战利品，全部运回了军舰。
看到附近的炮台已被清除，孤拔重新布署战斗行动。3时许，运输舰“阿尔通”号搭载的法国陆军，由皮埃尔少校率领最先离开，划着舢板向海滩出发。3时30分，法军皮埃尔大队成功登上海滩，迅速向内陆挺进。让法军顿感意外的是，竟没有找到任何普鲁士军队的踪影，各个普军工事相继轻松地落入法军手中。“普鲁士军队莫名其妙的失踪了，剩下一些表面上看起来不会伤人的平民。”5时许，迎着四下招展的红白蓝三色旗，孤拔踏上了基尔的土地。不久，法军进入基尔城中，仍然没有找到任何普鲁士军队的踪迹，基尔就这样落入法军手中。
对于这戏剧性的一幕，法国陆军将领们都很奇怪，以至于他们没有下令部队继续前进，而是先行固守基尔。根据孤拔的要求，法国陆军派出了侦察部队，向内陆搜索，依然没有发现普鲁士军队的踪影。
孤拔和法国陆军将领们并不知道，事实上，在他们进攻基尔之前，基尔的守军就已经没有多少人了。由于法普前线战事惨烈，普军伤亡过大，兵力严重不足，普鲁士政府迫不得已，从各地抽调部队补充前线，基尔港守军自然也不能幸免。
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