白文选也没想到扎雅会反叛，一时也来不及让朝廷派来援兵，便只能据城坚守。
但最后扎雅聚集二十多万大军却硬是没把安西都护城给打下来。
主要是白文选麾下的明军装备太过先进，战斗力也太强悍，而远非还停留在轻骑兵时代的蒙古兵所能比。
当然，扎雅麾下也有火器兵，但这些火器兵所用的火器还是滑膛火绳枪，自然也拿明军毫无办法。
而也因此，扎雅只能围城，以待明军自己粮绝。
川陕总督樊一蘅很快也知道了白文选部被围的消息。
而樊一蘅担心皇帝会因为扎雅起兵造反而轻视自己之前扬言扎雅不会反从而请求朝廷调走大部分兵马的建言。
所以，樊一蘅不打算立即告知皇帝，而是只带着自己的标营来安西都护府平叛。
但樊一蘅对前方的情报知道的不是很清楚，他误以为只是扎雅一个宣慰司反派，而不知道几个宣慰司都已经反叛。
所以，樊一蘅还行为给了已经和扎雅一起平叛的厄鲁特宣慰司，要求先行进军，去解安西都护府之围，而他随后赶来。
但厄鲁特却把樊一蘅进军的消息告知给了扎雅。
而扎雅因此干脆以逸待劳，在樊一蘅必经之路上埋伏了樊一蘅。
扎雅纠合了近三十万大军将樊一蘅的六千标营明军围住，使得樊一蘅的六千明军根本无法打赢，最终全军覆没，而樊一蘅因此不得不绝望自杀，但他作为一个文臣，腕部力量实在是太小，想自刎都割不断主动脉，最后还是让他的仆人持着长矛将他捅穿而死。
而扎雅也因为起兵造反后让大明损失了一名总督而有些得意起来，而认为大明虽然强大但也不能在西边表现得特别的强悍而已。
所以，扎雅干脆绕开安西都护府，直接率兵进逼肃州，威逼大明的河西走廊。
朱由检知道扎雅叛乱后当即命令黄得功重新征西，并火速派大军回师救援安西都护府的白文选部明军。
但很快，朱由检就又知道了川陕总督樊一蘅自杀殉国的消息。
这让朱由检有些恼火。
打西域最重要的就是后勤粮草的调运。
而樊一蘅任川陕总督多年，对于钱粮调度业务一向很有经验，是朱由检得以用兵亦力把里的重要支撑。
但是朱由检没想到樊一蘅这个文官总督竟会想到自己先去平叛，而不是先向他禀报，请求增派大规模的援军去亦力把里平叛。
朱由检只得火速启用已被任命为四川巡抚的刘文秀。
因为大明进军西域的粮草供应除部分来自于陕西汉中外，主要其实还是来自于四川。
刘文秀作为四川巡抚，一归附大明后就自请解散自己的兵马，在四川屯田，如今也一直作为樊一蘅副手，调度四川的粮食到陕西，所以，朱由检让刘文秀接任樊一蘅担任川陕总督，自然是最合适的。
刘文秀却早已根据邸报预判到扎雅会反，毕竟他曾经作为张献忠几个义子中的一个，也知道一个势力中总会有人想做新的老大。
而也因为此，刘文秀在扎雅反叛之前，就开始在四川各地乃至利用大明现在强大的外贸能力，从南洋购粮两百万石，一共凑齐五百万石，囤积于重庆与保宁一带。
待朱由检一让他接替樊一蘅担任川陕总督，他就立即给黄得功的大军提供了数百万石粮草。
使得黄得功的大军得以再次迅速进入到亦力把里境内，且一路上连续击退扎雅的叛军数次，歼敌达十多万。
为了将数百万石粮草从四川迅速运到前线，刘文秀还提前让人在道路上提前增设上百处驿站，并提前在各驿站外造好马槽，然后在马槽里提前倒好豆饼草料，使得马匹可以边吃边运粮前进，而大大缩减了运粮花费的时间。
当朱由检从黄得功这里得知大军进展顺利没有出现缺粮现象同时又从锦衣卫这里得知四川巡抚刘文秀调度粮草的一些行为后也很是由衷地夸赞起刘文秀的后勤保障能力来，并下旨加封刘文秀为太子少保。
扎雅也没想到明军会反扑得这么快，一时间，他的大军接连败北，跟随他一起反叛的其他四个宣慰司相继投降。
而扎雅也最终不得不退往阿尔泰山，然后逃亡了沙俄。
朱由检对于扎雅这种降而复叛的人是不能容忍的。
因为现在归附大明的少数民族部落很多，所以，如果一个降而复叛的人得不到严惩的话，无疑会影响天朝在所有少数民族部落心中的地位，而会让这些部落首领认为天朝对于反叛者不会太过于追究。
因此，朱由检一面通过奏疏往来询问刘文秀关于后勤能否支撑大军继续追击扎雅残部的问题一般命令黄得功直接率兵翻越阿尔泰山追击扎雅残部，同时，朱由检还让外务部的张煌言立即派出外务大臣准备出使沙俄，且准备一旦扎雅到沙俄避难就要求沙俄立即交出扎雅。
沙俄是整个亚欧大陆现在的大霸主，也一直向东扩张着领土，而且手段比大明还要残暴得多。
当然，沙俄也和大明一样高傲，甚至比大明帝国更加高傲。
沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇对于扎雅残部的到来的确对扎雅予以了接收，且有意扶持扎雅对抗大明帝国，并表示愿意借兵帮助扎雅收复自己的失地。
与此同时，沙皇也派出使者来到大明，且要求大明立即归还亦力把里给扎雅，并且扬言否则将教训大明帝国。
朱由检自然拒绝了沙皇的要求，且言沙皇是在干涉大明的内政，并且当即下旨言沙俄是一个非法国家，不是被大明承认的国家。
而沙皇也拒绝了大明引渡扎雅的要求。
两个亚欧大陆的强国因此在这件事第一次产生了矛盾。
不过，这个世界中，更富于进攻性的大明已经先派出军队进入沙俄境内。
朱由检甚至下旨鼓励国内更多的军人包括退伍军人复员去广袤的北方建立自己的功业，并鼓励他们用“一壶酒一杆来复枪一匹马”的方式去为大明开疆辟土。