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在讨论“妓馆存废”过程中，宋骁飞发现，传统的伦理观念，还是极大左右了当时人们的思想，这有好处也有坏处，好处就是社会稳定，坏处就是束缚了人们的创造性。有很多人把技术的进步看作是可以脱离思想解放而存在的东西，宋骁飞觉得这是自欺欺人。在宋骁飞看来，上层建筑决定了生产力，思想解放是生产力发展的前提，这用脚趾头想也能明白，如果你在家里的后院种一棵黄瓜，都会被认为是资本主义的尾巴，给你割掉，这样的社会怎么发展经济？西方的工业革命很大程度上得益于文艺复兴运动中人文精神的启蒙和人性的解放。
从1895年到1903年，中国经济已经飞速发展，经济改革取得初步成果，政府每年的收入从7000万两白银达到了十四亿两白银左右，宋骁飞觉得文化改革势在必行。宋骁飞与北大校长蔡元培、教育总长严复、参议院议长容闳、司法总长梁启超座谈商议后，决定提前发动历史上的“五四”新文化运动。于是，1904年1月15日，中国迎来了两位陌生人：德先生和赛先生。这两位来自西洋的先生，成为中国启蒙运动最深入人心的形象，他们在风雨如晦的暗夜里为国人点亮了耀眼的灯塔，照亮中国人精神黑夜前行的目标和方向。
在宋骁飞的支持下，梁启超主办了《少年中国》新杂志，慷慨激昂地宣誓，德先生和赛先生是新思潮的两大理想，是现代文明的两大目标。宋骁飞还亲自为《少年中国》写了发刊词，其中热情洋溢写道：“西洋人因为拥护德、赛两先生，闹了多少事，流了多少血，德、赛两先生才从黑暗中把他们救出。引到光明的世界吾国欲图世界的生存，必弃数千年相传之官僚的*的个人政治，而易以自由的国民政治。我们物质生活上需要科学，自不待言；就是精神生活离开科学也很危险。科学和民主两者都牵涉一种心力状态和一种行为的习惯、一种生活方式，凡事都应该‘大胆的假设，小心的求证’，‘尊重事实，尊重证据’。道德也应有善恶之分。恶的道德，便是伪道德。譬如封建社会男人的长辫，女人的小脚，都应该统统扔掉！唯有民主和科学才可以救中国，救治中国政治上、道德上、学术上、思想上的一切黑暗。”
梁启超也写了一篇大气磅礴的《少年中国说》，鼓励青少年追求科学和民主：“造成今日之老大中国者。则中国老朽之冤业也；制出将来之少年中国者，则中国少年之责任也。彼老朽者何足道?彼与此世界作别之日不远矣，而我少年乃新来而与世界为缘。使举国之少年而果为少年也，则吾中国为未来之国，其进步未可量也。使举国之少年而亦为老大也。则吾中国为过去之国，其澌亡可翘足而待也。故今日之责任，不在他人，而全在我少年。少年智则国智，少年富则国富；少年强则国强，少年独立则国独立；少年自由则国自由，少年进步则国进步；少年胜于欧洲则国胜于欧洲。少年雄于地球则国雄于地球。红日初升，其道大光。河出伏流，一泻汪洋。潜龙腾渊，鳞爪飞扬。乳虎啸谷，百兽震惶。鹰隼试翼，风尘翕张。奇花初胎。矞矞皇皇。干将发硎，有作其芒。天戴其苍，地履其黄，纵有千古，横有八荒。前途似海。来日方长。美哉我少年中国，与天不老；壮哉我中国少年，与国无疆！”
一时间，国内舆论为之一新，报纸纷纷主张“以科学代宗教”、“科学的人生观”。一些反对新文化运动的人，则被宋骁飞下放到农村住牛棚，包括北大教授辜鸿铭。为了民.主的早日到来，宋骁飞又不民主了一次，对封建*、宗法制度、三纲五常开炮，表达了国家对此次新文化运动的支持。不过，宋骁飞没有全盘否定传统文化，对于一些传统礼仪作了保留，检验的尺度便是人性，凡是符合人性的道德，予以保留和鼓励，比如祭祖的风俗，这是中国人根深蒂固的信仰，到了二十一世纪也没改变，这也是孝道文化的一部分，宋骁飞表示认同。
在北京大学的德先生和赛先生的雕像落成典礼上，天空万里无云，开阔的蓝天下，校园里的白玉兰花飘来阵阵花香，宋骁飞对主席台下的一万多名北京高校的学生发表了《一个自由思考的时代》的演讲，鼓励学生的个性自由，宋骁飞慷慨陈词：
“这个时代最大的痛苦，不是物质的匮乏，而是自由思考精神的丢失，是多数人的沉默或媚俗，是个体的世界得不到承认，是个人无法自由获取知识和追求真理。这就是为什么，我们会在这个物质极大丰富的时代，会感到个体精神世界的虚空，这就是为什么，我们很多年轻人，奢谈理想和奋斗。
自由思考，是一种质疑和反思的精神。我们相信，自由思考，是人们精神世界最低层次的需要，就像饿了就需要吃饭，渴了就希望喝水。我们相信，自由思考，是个体意识萌芽的土壤。我们相信，自由思考，是人存在于时空的意义所在。
我们之所以强调自由，是因为自由地获取知识是探索真理的先决条件。我们相信真理，是通过有理性的人自由讨论得到，而不是由某个权威振臂挥出。权威固不可少，但对权威的顶礼膜拜必须打倒。
我们之所以强调自由，是因为我们相信自由是自然普遍的法则。正如每一片红叶，每一丛翠竹，每一点晴霞，只有在自由的山间，才显得如此美丽。
我们之所以强调思考，是因为思考是通向自由王国的必由之路。贫瘠的土地，会产生让人唏嘘不已的悲剧，但精神的荒原，比贫瘠的土地更可怕。
我们之所以强调思考，是因为思考是摆脱精神奴役的必然选择，让每一个人有尊严地活在这个世界上，让每一个人成为他自己，打破世俗或者自己强加给自己的精神枷锁。
自由思考，需要我们进一步解放思想。反对不代表反动，我们应当允许不同意见存在于这个多样的世界。而且实践证明，历史上许多的进步，都是由反对的声音推动。
自由思考，需要我们进一步实事求是。我们应当回到问题本身，让实践真正成为检验一切真理的标准。那么一切都会改变，一切都不会太远：包括富强、民主、文明的中国。
正是因为自由思考，我们才高举科学和民主的两面大旗，冲破封建思想的束缚。
我们现在面临的问题，不是工商立国是一条康庄大道还是万恶之源，市场在解放生产力和发展生产力方面，具有无与伦比的力量。我们经济的成就，取决于多数人的幸福感。
我们现在面临的问题，不是政.治.改革，是迫在眉睫还是应该循序渐进，而是我们的政府怎样才能更有效率。我们的政府能否给人民提供一个稳定的生活环境，能否让公平正义在社会得到伸张，能否让每一个愿意工作的人有一份体面的工作，能让每一个家庭都有尊严地生活。
我们现在面临的问题，不是传统文化是孕育现代文明还是格格不入。我们需要的是这样一种精神：符合人性，在人格上人人平等，人的价值得以实现。我们的道德，应该让我们每个人都能发自内心地接受，而不是靠灌输或者被强迫。”
台下的一万多名学生自发鼓起掌，掌声响遍了整个北大校园，宋骁飞最后总结陈词：“自由平等的国家不是一群奴才建造得起来的，社会最大的罪恶莫过于摧折个人的人性，不使他自由发展。社会国家没有自由独立的人格，如同酒里少了酒曲，面包里少了酵母，人身上少了脑筋：那种社会国家绝没有改良进步的希望。同学们，世界是你们的，也是我们的，但归根结底是你们的。你们青年人朝气蓬勃，正在兴旺时期，好像早晨八、九点钟的太阳。希望寄托在你们身上。世界是属于你们的，中国的前途是属于你们的，所以你们一定要相信民.主，相信科学，相信爱和善的存在，相信人性的善良，终究会战胜邪恶！”
“好！”
“好！”
“好！”
台下一片叫好声，青年学生们热血沸腾。宋骁飞抬手示意他们安静，接着说：“我曾有一个梦想，重做大总统，再造共和国，用坚船利炮、坦克潜艇，守卫“海棠”土，让四万万中国人民都活得有尊严！这个梦想，现在已经基本实现了。我们中国的人口，已经达到五万万人，没有哪一个国家，现在敢随便欺负我们中国人，一切的不平等条约都已经废除，香港、澳门、琉球、库页岛、尼布楚，我们都收回了，美丽的贝加尔湖，也成了中国的‘北海’。但我还有一个梦想，让科学和民主，成为中国人民的信仰，让他们都过上泰西腐朽堕落的生活！这个梦想，就靠同学们了！我相信不久的将来，我这个梦想，一定能实现！”
就坐在主席台上北大校长蔡元培，也带头鼓起掌来。之后，在同学们的强烈要求下，宋骁飞还和大学生们进行了互动，回答他们的问题。