黄超大部分精神一直在矩阵核心之处，追随着史密斯的重生过程，在这个“意外”中，史密斯是不能出现了，一个具有感染程序能力的意志出现，他是黄超的精神分化，正是黄超超级智能的具现。
它甚至有个比较萌的名字，叫做黄超智智，当然在这里，他将自己整容为史密斯，这是整容术规则力量，他在具有史密斯外貌的同时，其实已经具有了这个程序所有的认证特征。所有矩阵中的程序，都会把这重生的程序当成史密斯，一切又回归正规。
在机械帝国中，机械大帝也在思考人类的动向，锡安的所为跟他计算相符，而华国出现了一些意外，但并不影响大局。“救世主只能出现在矩阵这样的精神联网中，这是人类的精神高度联合，催生出的不规则变量。华国想破解救世主秘密，根本不具备相关条件，他们没有矩阵这样的严格精神网络。”
华国自己的精神网络，是非常宽松的，矩阵之所以有神奇之处，正是因为它每时每刻在压榨亿万人的精神，那些人与外界断绝联系，全部生命意义都投入了矩阵之中。
即使是狂信徒，也不能向他们那样，不间断地祈祷一辈子。黄超把机械大帝当成邪神来看待，正是因为电影里各种暗示和隐喻。
“黄主任，我们的进展十分缓慢，那些细胞虽然复制出来，但是无法分离有效物质，克隆组已经克隆了数百个救世主胚胎，但是他们长成成人，还需要二十年时间。研究工作已经陷入停滞。”
在矩阵里，黄超和华国的黑客进行联系，他带着安慰的语气说道：“关键是矩阵，我们必须破解矩阵的奥秘。矩阵每隔几十年，就会有一个救世主出现，这件事说明了什么。我们要突破自己的心灵，必须要在矩阵中进行。外界的研究是基础研究，但是我们要提高战力，还是需要从矩阵入手。我现在已经待在了一个安全的地方，保证连续在线，我将亲自观察矩阵的变化。”
黄超伸出手，澄清的绿茶，从花纹古朴优美的茶杯中腾飞出来，在空中翻卷变形，成为一只水鸟，在屋子中自由的飞行起来：“你看，我现在做的还不错。我就要继续待在矩阵中。组织一个队伍，我要最精英的一批人，让他们来矩阵见我，我要带领他们开启自己的心灵。外界的研究必须按照计划进行，哪怕一时没有收获，但那最后将成为我们民族的财富。”
一批人马聚集到黄超身旁，其中张浩、郑玄也赫然在列。这些人都是华国的渗入者，因为他们本来就是在矩阵里解放心灵的人，战力和墨菲斯等人相当。
黄超笑道：“很高兴见到大家，现在我来给你们讲一讲人生哲理……”
同时，尼奥黄超接到其他船员的求救，有一个孩子已经觉醒，他正在被特工追逐。黄超处理这种事情驾轻就熟，他从云端飞下去，搅动起大团的云气，那个孩子已经爬到了楼顶，他发现自己被特工和警察包围，于是他仰天跳了下去。
黄超狂飙而至，身后带起的强风，已经把汽车、树木、建筑摧毁。他一把捞住了这个孩子，把他带进了高空，对方在他的保护下，没有受到高速的伤害。
“尼奥，我就知道，你会来救我！我一直在心里向你祈祷！我知道，你们是真的！”这个非主流的孩子激动地叫道。
黄超看到他立刻想起来，这就是电影里尼奥的跟屁虫，他在对方跳楼的时候把他救起来，能够给人留下极深的印象。黄超仔细想了想，没有把这个小孩扔下去。现在他根本不怕普通的逗|比和傻|逼。
“淡定孩子，接下来你要好好学习，锡安需要你来建设，另外不要崇拜哥。”黄超谆谆教诲道。这孩子立刻被他影响了，他对黄超还是极度虔诚，但是至少不会再来黄超面前多事。
黄超带他来到了黑客基地，自然有人接应，他们锁定了男孩的真实身体，然后把他强行踢出矩阵，在从下水道里把他捞出来。黄超继续到处解决麻烦，他心里对这些觉醒者有些无奈：“这些觉醒者，都坚信世界的虚假，追求神秘的黑客。其实他们的性格全是中二少年啊。我们救出的人大部分都是这种非主流，在正常人眼里就是诱骗中二少年的黑暗组织。”
黄超在教导华国的战斗成员，他在潜移默化中用精神影响他们，他们全部成为了黄超的狂热信徒，他们精神发生了变化，立刻体现在矩阵中。随着时间推移，他们每个人心灵都进一步解放，矩阵的规则难以限制他们，力量与日俱增，每个人都可以和特工过招。这批训练成员，配合断网保护装置，让华国在矩阵里也有了一批不死的超级黑客，这让大家都感到安心。黄超的思路是可行的。
而这一切其实是黄超拿出来遮蔽所有人的烟雾弹。他在外界的身体化为尼奥，待在尼布加拉撒号上，此时正在等待墨菲斯的征召。
崔妮蒂礼貌地说道：“尼奥，墨菲斯叫你进入矩阵。”黄超点头：“我这就来。”两个人不像电影中有神秘亲密关系。崔妮蒂本来对黄超有好奇有敬佩，这很容易转化为爱情，何况还有先知的话让她心乱如麻：她会爱上救世主。
然而黄超几句精神催眠，就让崔妮蒂消除了念头。这样，先知的预言反而成真了：崔妮蒂会爱上救世主，黄超他不是救世主啊！尼奥本人，还在黄超的储物空间里。
几人进入矩阵，得知机器人开始进攻锡安，有二十五万乌贼正在往下挖，指挥官拉克要求所有人回防，而墨菲斯则要求一艘船留下，他们要和先知保持联系。
黄超冷眼旁观这些闹剧，他出去了打了来袭的特工。然后史密斯黄超也粉墨登场，把特工感染成了史密斯的形象。程序复制了外表，但是这些史密斯强度不同，他有一个领头的。