接下来的谈判到是比较顺利，首次在第2条的赔款数目上，双方经过了一番讨价还价之后，最终确定日本赔款的数额为8亿日元。
这个时代，日元兑英镑的汇率约为94:1，8亿日元折算约为8500英镑，基本在双方都能接受的范围内，而且华东要求以英法德美四国的货币支付，日本也没有异议，毕竟日本要支付华东的赔款，肯定是要向其他国家贷款的，只是具体的支付方式还需要商榷。
而双方建立正式外交关系，也不是什么大问题，在开战之前，日本就己经在青岛设立了领事馆，按照双方的协议，华东也应该在日本设立办事处，但华东有意拖蹋，随后日俄战争爆发，因此日本也就没有理会，就一直拖到了现在。而战争结束后，虽然日本和华东结下的梁子不浅，但也更有必要建立外交关系，这样才能更好的了解华东的动向。
至于经贸关系，则更有必要。在甲午战争之后，日本不仅获得了23亿白银的巨额赔款，而且还取得了和其他列强同等的关税优惠政策，日货进入中国市场只需交纳5的关税既可不再负担任何税费了。日本国土狭小，人口资源均不足，因此中国一方面是日本大部份资源、矿产、原材料的来源，另一方面又是工业产品消售的主要市场，这也就造成了日本经济对中国市场的依赖，只是清廷太过软弱无能，无法善用这个优势。
不过这个时候日本对中国进出口贸易基本都是通过上海海关完成，一来有海运相通，而且基础设施也十分完善；二来这个时候日本从中国主要进口的铁矿石和生丝都能够便利的通过上海海关出境。在旧时空里，是从日俄战争之后，日本才开始向东北地区渗透的，并逐渐将东北地区变成了自己的主要原材料来源。
但现在华东控制了上海海关，而东北己经指望不上了，日本要保住中国的市场，要确保自巳的原材料供应，就必须和华东签定一分新的商贸协议。
时间不长，华东提出的4条草案，己有3条基本达成了共识，但这个时候，日本谈判团提出了一个新的条件，华东必须将俘虏的日本士兵、战场劳役人员以及人民军在日本虏掠的人员全部归还日本。
秦铮则表示，人可以交还，但日本必须支付费用，按一名士兵1000日元，战场劳役及其他人员500日元计算，即为赎俘费用。
人民军俘虏的日本士兵到并不多，只有68万余人，不7万，而战场劳役人员到是不少，共计约23万左右，共计约30万，另外从日本虏掠的人口约有70万，如果按照华东开出的价码，日本再必须支付5亿日元左右，才能将这些人全部赎买回去，那样日本向华东支付的赔款数额将比华东开出的还要高了。
日本代表团当然不可能接受这个条件，因此伊藤博文坚称在己经协商好的8亿日元中，已经包括了赎俘费用，华东再索要赎俘费，是没有道理的。
而秦铮则一口咬定，赔款是赔款，赎俘费是赎俘费，两者不可混为一团，先前谈好的8亿日元只是赔款，而并不是赎俘费，因此日本如果想要回这些人，就必须支付赎俘费用，否则华东绝不会放人，如果日本不赎回这些人，华东相会对俘虏的日本士兵、战场劳役人员，将进行审判，跟据他们在中国犯下的罪行，确定监禁服刑的期限，只有到了刑期满之后才能够释放归国；而从日本带回来的那批人，他们都是自愿来中国做工，并不是虏掠而来，但华东会尊重他们的个人意愿，只是要离开中国回国，则必须先以工代酬，将华东运送他们来中国，以及途中的饮食等费用开支还清。
伊藤博文当然知道，秦铮叽叽歪歪说了这么多，其实就是不想放人，当然这也基本在伊藤博文的意料之中，因为伊藤博文知道，中国东北地区地广人稀，估计是华东想在日本获得一批劳动力，开发东北地区，否则华东辛辛苦苦的把人从日本弄到中国去干嘛，因此要从华东手里将这批人要回来，可不那么容易。
于是谈判再度进入僵局，因此只能再度暂停下来，伊藤博文发电回日本请示，表示道歉和俘虏的问题成为谈判的僵持点，如果不做出一些改变，谈判就无法完成。
日本收到了伊藤博文的电报之后，也立刻展开了协商，虽然有少数人叫嚣立刻终止和华东的谈判，死战到底，但桂太郎、山县友朋等首脑人员的头脑还是清醒的，知道日本根本打不起，而且能够谈成这样也不容易，绝不能让这次谈判破裂。同时也祭出了天皇这面大锅，和华东谈判是天皇的决议，谁敢置疑天皇的决定？
当然也有几个脑袋里全是浆糊的日本中下级军官组织起来，跑到皇宫前去向天皇请愿，要求天皇收回成命，结果被日本以对天皇不敬的罪名，将这几名军官治罪，这才压制住了终止谈判的声音。
而针对现在谈判的僵持点，日本经过了认真分析之后认为，想让华东免费放人基本是不可能的，而支付赎俘费也不现实，虽然赔款的费用在日本的接受范围内，但也是一笔巨额资金，当然是最好不要有增加，因此日本几乎是不可能从华东手里把人要回来，只能放弃要回俘虏，换取华东取消要求日本认错道歉的条件。
不过寺内正毅认为，战场劳役人员，被虏掠的人口都可以放弃，但应该将俘虏的军人赎回来。因为这批军人都是受过严格系统训练，并有实战经验的老兵，还不少中下级军官，甚致可能还有部份师旅级的军官，这些都是目前日本军队中最缺少的素质，而且赎回这批军人，还可以提振军队的士气。而从经济上说，如果要将全部人员都赎回来，日本当然负担不起，但如果只将俘虏的军人赎回来，则还是承受得起，毕竟被俘虏的军人并不多，只有不到7万人，也加不了多少钱。因此理应将这批军人赎回来。
桂太郎也是陆军出身，因此对寺内正毅的这个提议到是十分支持，山县有朋就更不用说，有这两位大佬支持，自然就顺利在内阁中通过了。
收到了国内的指示之后，伊藤博文也没有异议，毕竟他也知道，这批日军确实是日本正需要的，国内的日军实在是太缺经验了，因此也按照国内的指示，向秦铮提出了新的方案。
而华东经过协商之后，认为这个提议可以接受，因为是这批日军俘虏确实不是很好管，绝大部份都是老兵，被什厶“为天皇尽忠，七生报国” 之类的关食洗脑很严重，也不怕死，几乎每隔几天总有人闹事，甚致攻击管理人员，为止己经枪毙了百余人，受罚的多达1500余人，但还是禁不住，而又不能将这些俘虏全杀了，干脆放回去，还可以多换点钱回来。
虽然有人担心，把这批日兵放了，会不会是放虎归山，但夏博海、秦铮都认为这种担心没有必要，毕竟只有不到7万人，改变不了大局，何况这一战之后，日本不仅损失惨重，还欠了一屁股的债，至少在10年内没有再发动战争的能力，而10年之后，华东也不会是现在这个局面。
于是秦铮又和伊藤博文展开了会谈，又经过了一番讨价还价之后，最终日本支付的赔款增加到85亿日元，约合9000万英镑，换取华东释放俘虏的日军士兵，并取消草本中的第一条。
同时日本也同意，在鸭绿江东岸30公里内，不建立任合军事设施，做为双方的缓冲区，另外还允许华东在鸭绿江上建桥，做为华东让步的交换。这样一来华东在鸭绿江一线的防御压力也能大大降底，而且以后进攻朝鲜半岛，也要容易得多。
而日本则承诺在36个月内，将赔款支付完全，虽然英法美德都愿意为日本贷款，但这么一笔巨款的信贷手续，也不是在短期内能够完成，由其是这里面还涉及到贷款的利息、低押等一系列问题的谈判。
不过在日本全部支付赔款之前，华东将仍然占据着京都、神户、大阪三地，但华东也同意先从能登半岛撤军，以表示诚意。其实这个时候在能登半岛上己经没有多少油水可捞了，而京都、神户、大阪则还有很大的潜力可以挖崛，当然，华东也同意，随着日本分期支付赔款，也可以逐一退出京都、神户、大阪，但日军俘虏则必须等到日本将赔款全部支付完之后才能释放。
于是经过了15天的谈判，华东和日本终于达成了一致的协议，于是正式签定了上海条约。