8月5日，程璧光与海军第一舰队全部抵达广州。国会议员应孙文电邀，也有150多人到达广州。但这个数字仍不足法定人数，但众人认为护法誓在必行，于是决定按照法国的先例，召开“非常国会”。
8月25日，国会非常会议在广州正式开幕，孙文被选为中华民国军政府大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。
在军政府里，有几个值得注意的军界人物。李烈钧做了总参谋长，许崇智做了参军长，陈炯明做了第一军总司令。他们三位都是革命元勋，蒋志清此时还排不上位置。
陈炯明被赋予第一军总司令的职务，但他只是个光杆司令。孙文希望他成为一个名副其实的司令，他现在总算知道自己手里没有军队是干不了事情的。于是，他派胡汉民跟朱庆澜去谈，希望把陈炯明过去的那20营部队还回来。
此时的广东其实是桂系的地盘，督军陈炳焜是陆荣廷的把兄弟和第一干将，他早就惦记着朱庆澜的部队。朱庆澜索性将20营警卫军交给孙文，并提议由陈炯明担任省长公署亲军司令。
孙文在广州所作所为，西南军阀都当做笑话来看。但听说孙文要拿走这20营部队，陈炳焜立即疯了，马上出动部队，将陈炯明的司令部团团围住，缴去司令大印。亲军司令才做了一天，陈炯明便被逼出走，跑到香港避难。随即。陆荣廷又亲自操纵广东省议会选举，将李耀汉推上广东省长的宝座，又将朱庆澜逼走。
孙文长叹一声道：“难道搞支部队就这么难吗？”
孙文无奈，而陈炯明则被气得卧病在家。眼看孙文的建军计划又成泡影。
天无绝人之路。现在能够帮助孙文的是段祺瑞。
1917年，张勋复辟，各派势力组织护法势力驱逐张勋，并顺便谋求自己的利益。
最先获利的是段祺瑞。他在北京附近拥有支持自己的军事力量，他于马厂誓师，带着5万军队打进北京，一下就将张勋军驱逐了。段祺瑞回到了北京，却没有恢复原来的政府、议会和总统，而是另组临时参议院。段祺瑞的作为，让那些失去议员津贴的老国会议员们不满。还有那些对段祺瑞强势政府心存余悸的南方实力派们也很不满。
孙文号召反段的力量在广州集结。最先响应的是程壁光和他控制的第一舰队。
一个新问题又出现了，这些来参加护法的人究竟就是支持孙文，还是支持护法。孙文和其他人的理解不一样。产生分歧也就很正常了。护法势力中，最有声望两个人，一个是黎元洪，一个是孙文。对于大多数人来说，他们支持黎元洪恢复总统的位置。可是，黎元洪远没有支持他的那些人那样的热情，他不愿意南下，而更愿意在天津当炒房、炒股的商人。
黎元洪不愿意南下，于是只有孙文可以担任护法的代言人了。但是护法各派却希望护法政府和原来的护国军一样，大家成立合议制的机构。也就是说。并不是一人说了算，而是遇事协商解决。这与孙文的想法不一样，他希望护法政府中，一切由他决定。
联合各派的护法运动实际上已经出现分裂。
段祺瑞主张武力统一，对南方采取不妥协政策，派傅良佐坐镇湖南，吴光新进驻四川，冯玉祥部进兵福建，从三个方面进击南方。
陆荣廷对北军咄咄逼人的攻势颇为忌惮，担心后院起火，于是主动缓和与孙文的矛盾，将那20营人马终于给了陈炯明，但前提是陈炯明领兵去打福建。同时，陆荣廷调走了陈炳焜，而以部将莫荣新做了广东督军
从长远看，这次交易，陆荣廷不合算。军队远比地盘重要，有了这支部队，孙文的革命事业迎来了新局面，而且最终把广东也拿到手里。
尽管孙文命令不能出府门，但他却制定了一个会师武汉、大举北伐、统一中国的宏大计划。他制定的这个计划，其实是以蒋志清原先的计划为蓝本的。
9月1日孙文在广州开基立业之时，蒋志清便将一份《对北军作战计划》寄往广州。蒋志清之所以能这么快将计划送到孙文面前，当然是在刘庆斌提醒下，早早制定出来的。
蒋志清对敌我态势进行了最乐观的估计，认为我强敌弱，建议护法军应北进湖南，再克武昌，扫清长江一带，然后直捣“黄龙”——北京。这一计划，环环相扣，严密无缺，孙文看后大为欣赏，随即采纳。
当然，孙文终其一生也无法完成这一计划，还是多年之后蒋志清亲自把经完成了。
许崇智也是帅才，不能久在陈炯明之下。于是，孙文让陈炯明拨出四营，让许崇智组建粤军第二支队。
陈炯明对蒋志清早有耳闻，因此请求孙文派蒋志请到粤军参赞军机。
孙文随即给蒋志清发去急电，让他速到粤军报到。蒋志清在粤军的第一个职位是一个重要的岗位——作战科主任之职，上校军衔。
蒋志清到广州见过孙文，即匆匆赶到汕头粤军司令部。此时，北军正急攻衡州，战局危机。
陈炯明有意试探蒋志清：“志清，现今广东危在旦夕。敌军大举进攻衡州。衡州为粤、桂、赣三省通衢，他们占了衡州，我军防线洞开，敌军必兵分三路，一路攻广西桂林，一路攻广东韶关，一路攻江西赣州，然后合攻广州。因此，我以为，应该集中主力死保衡州。你意如何？”
蒋志清摇了摇头，又摆了摆手道：“不可，不可。”
陈炯明惊问其故。
蒋志清道：“湖南战局，没有那么严重，我军大可不理。”
“什么？不理？”陈炯明惊得眼珠子都快掉了出来。
蒋志清胸有成竹地走到地图前，道：“我军应以主力进军福建，只要拿下漳州、龙岩，广西、广东和福建便连成一片，敌军便会落入我军的反包围之中，他们即使拿下衡州，又何敢向我前进一步。这叫敌进我进，他们的家当比我们多，他们南来就来，我们不管，反正我们要北去。”
陈炯明一听，不禁醍醐灌顶。
蒋志清又道：“同时，假如贵州、四川、云南方面能够与我们配合，进击湖北荆州、宜州，扰敌之后，敌军军心必乱，我军即可趁势反攻了。”
一席话说得陈炯明二人心悦诚服，陈炯明上前拍了拍蒋志清的肩膀，道：“志清真乃我之子房也。”
蒋志清闻言，微有不悦，道：“我希望尊驾做孙先生帐下的韩信，鄙人做樊哙就不错了。”
蒋志清将《今后南北两军行动之判断》递给陈炯明，道：“这是我在路上写的。刚才说的话，都在上面。待我去前线看看，回来再制定作战计划。”
转天一大早，蒋志清即赴黄冈、潮安、三河坝、松口、蕉岑前线视察，随即拟定《第一、二两期作战计划》。
蒋志清回来后对陈炯明道：“我军应尽快拿下福建。福建易守难攻，又位于江西侧翼。我们在福建，北军断不敢深入广东，如此我军可立于不败之地，而后可谋制胜之方也。”
陈炯明闻言大喜，当日即下达总攻击令，兵分三路，进击福建。
按照蒋志清的计划，粤军以许崇智部为左翼，以邓铿、洪兆麟部为右翼，陈炯明亲率4个支队为中路。
许崇智辛亥时就是在福建起家，闽军中有不少他的老相识。在他的努力下，有一营人马反正，因此许崇智进展迅速，率先杀入闽境，连克武平、上杭。