百花仙子在武家集住了下来，开始教授叶天行和武妙涵医药学。为了便于治疗叶清源和教导叶天行，她搬到叶家居住，上官百合和武妙涵也随她搬了过来，叶家的院子大，客房也多，倒是不愁住的地方。
研修医药学，先从识药开始，而后识体，最后是医术和炼丹。为此，明光将后花园开辟成一块五亩大小的药田，虽说药田不大，但一些常见药草基本都种齐全，以便叶天行二人辨识药草。百花仙子还经常前往南荒古林，采集些珍稀高阶药草来，来加强二人的识药能力。
至于识体，百花仙子身为得道之人，内在修为自是不凡，她从最初的五行经络教起，叶天行将百花仙子所教与先前所学的《五行总诀》两相印证，因此他学起来，如鱼得水，自然事半功倍，获益匪浅，从而极大地加深了他对自然万物衍生变化的感悟能力，为进一步修习《五灵飞天诀》，打开了方便之门。
项链内所藏的《五灵飞天诀》，不知为何人所创。此诀蕴含天地衍生至理，共分《五灵衍生》和《筑基诀要》两部分。它强调天地万物皆为五行之气所化，修仙实际上就是人与天争，而人的力量非常渺小，只有将天地灵气化为五灵之气，才能将天地之力吸纳入体，为人所用，从而摆脱生命法则的桎梏。可若想将天地灵气炼化为可用的五灵之气，首要就是体悟五灵衍生，在人的丹田内拓出五灵灵气旋涡，积累五灵之气，称之为练气，五灵灵气旋涡盈满液化即为筑基成功，从而跨入先天境。此后即可通过吸收炼化天地灵气温养自身，延缓其衰竭，最终证得五灵大道而飞升，成仙成圣。
具体的道阶划分为：练气，也称准备期；筑基、金丹、元婴、出窍、分神、合体、洞虚、大乘、渡劫，也称人界修仙九大阶；天仙、大罗金仙、位仙、仙圣，也称仙界修仙四大阶。魔修也相对应划分为凝元、魔丹、魔婴、化形、离识、合体、洞虚、大乘、渡劫、天魔、罗天真魔丶魔罗王和魔尊。
《五灵飞天诀》对五灵筑基极为看重，认为它是修者在人界修行的至为关键的一步，是凡人踏上仙途的基石，为此特意在《五灵衍生》部分给出了一种《五灵吐纳法》，并辅以内视术、敛气术等小神通，以便在练气阶段，可通过五灵吐纳之法吸收少量的天地灵气，为筑基打下基础，而内视术则可以帮助修行者观察体内的灵力循环，更好地体会天地灵气转化为五灵之气的衍生变化。
然而，练气毕竟属于为五灵筑基打基础的阶段，吐纳一个周天，只能吸收炼化少量的天地灵气，进度较慢，但《五灵飞天诀》讲求厚积薄发，前期缓慢而后劲十足。
《五灵吐纳法》强调，人之呼吸不止，则吐纳不止，师法自然。无定法，无程式，因人而异。须将练气吐纳融入日常生活，坐卧行走，无不为之。也就是要求呼吸吐纳成为修者的一种本能行为，就像人在睡梦中也能呼吸一样。同时，着重强调体悟“静”之境，“静”为学问之始，正所谓宁静以致远，心静则气归，无静则万念丛生，功无所行。
一年后，叶天行已由初时的夜静练功之“静中取静”，逐渐达到了于日常生活中呼吸吐纳之“闹中取静”的境界，练功达到了不着相于言、听、视、行、住、坐、卧等日常生活行为。
《五灵飞天诀》本质上是属于筑道基的大道法诀，所吸收炼化的天地灵气是一种源自宇宙的奇异力量，炼化为五灵之气后可藏在修炼者的经脉穴位内，成为蓄势待发之无穷无尽的强大力量。为了充分发挥其能力，强调气、体、心同修，为此它又特意给出了一种《五灵炼体术》，特别强调要感悟生命法则，能调动天地灵气，化自然万物为我所用，能以天地之气护身驱毒、生肌止血、延年益寿。
《五灵炼体术》将炼体阶段划分为：后天境，也称准备期；先天境、重生境、炼婴境、通臂境、法相天地、浑然一体、八荒神劲、玄体境、转灵境，也称人界炼体九重境；仙体境、日月同辉、不死不灭、仙圣体，也称仙界炼体四重境。每个境界又细分为四个层次：气与力合，意与气合，心与意合，浑圆如一。都要经历五个过程：易筋，洗髓，淬骨，换血和脱胎。
叶天行先从后天境的气与力合练起。气与力合，强调气与力的衍生，属于着相的初级炼体阶段，让人一见即可知其为刚力。
时光荏苒，岁月如梭，叶天行已十五岁，已到束发之年。由于他平素练气锻体的缘故，他的身形长得魁梧，体魄强劲，乍看上去，已经看不到年少的痕迹，俨然一副少年老成的模样，犀利而不失稳重，只是微黑的脸庞上，一双眸子炯炯有神，隐隐中还有几分小叶子的影子。
这些年来，他跟随百花仙子研修药学，制药炼丹，但在别人眼中，他依然是是个普通学徒，因为他是五灵根的缘故，已经没有人相信他能修仙。而事实上，他却从未放弃过对于修仙的向往，他本就善于读书自悟，再加上身边有百花仙子这等高人点拨，竟被他很快入了门径。只能感叹万事终究不过一个“悟”字，修仙亦是如此。
但叶天行练气最终还是受到了五灵根的限制，尽管他修炼的是顶级仙法，已达到全天候不着相的练气境界，而且还在服用自己炼出的灵气丹进行药辅，但他也仅仅达到了练气五层，和武妙涵等人比起来，还是慢了很多。武妙涵已达到练气八层，武高飞和武高雄练气七层，就连灵根不太好的武高志也已达到了练气五层。
叶天行未被身边的同龄人拉开太多，得益于他那无与伦比的灵气转化能力。他是最完美品质的五灵根，就单一属性来说，就连武妙涵都无法与他相比，限制他修炼进度的主因，是他每次吐纳吸收的天地灵气都要转化为五种灵气，因此，对每一种单属性功法来说，他每次吐纳的实际效果仅仅相当于有两成收益。通过内视术，他早已弄清了这一点，并一直在研究相应的解决办法。但有失必有得，五灵根也给他带来了单灵根所没有的回报，那就是他可以同修五种属性功法，经过几年的努力修炼，他已成功打通了五行经脉中的土属性和木属性经脉。
叶天行在修炼时还遇到了一件怪事，那就是在他打通土属性经脉时，练气出奇地顺利，一个月内竟出现了三连跳，直接跃进到了练气四层，而他打通木属性经脉却费了九牛二虎之力，用了四年多的时间，练气等级也只不过提升了一层。他一直弄不明白两者差别何以如此巨大。
修炼带给叶天行的最大惊喜是项链的变化。在使用项链时，他意外发现项链内的空间竟然会随着他的神识感应能力的提升而变大，目前已达到三十多丈，他这才意识到他得到的绝不是一般的仙宝！
但这件事叶天行没有告诉任何人，他觉得爷爷说的有道理，有关项链的一切都成了他的绝密。而且，考虑到大家都认为五灵根不能修仙，为了不引起别人的注意，他还用敛气术将自己的境界收敛在了练气二层。
在武家集的这些年，百花仙子全心全意教导叶天行识药、识体、学药和炼药。叶天行的性子野，但学习能力毋庸置疑，所学药术夯实牢固，深得百花仙子的喜爱，虽不能师徒相称，但两人情若师徒，抑或还有几分师徒之外的情分。百花仙子念念不忘师父的嘱托，她对叶天行，除了传授药术，自然也会关照他的生活细节。百花仙子很早就已经注意到他在练功了，也以为他只是在强身健体，或者修炼一些低阶道法。在她看来，他的修炼即使不能入道，可也不是歪门邪道，练练也无妨，所以她并未刻意询问。
百花仙子眼见着叶天行一天天的长大成人，如今他的医药术已学有所成，只是需要时间来磨砺，而且已能炼一些练气期服用的低级丹药，成丹率基本能达到了两成，往后的生活，就看他自身的造化了。该是她离开的时候了，虽然心有不舍，但她深知小鸟总是要飞出巢去，总是要经历过风雨，才能翱翔于蓝天之上。于是，她给爷孙三人留下了三颗增寿丹，便带着武妙涵返回了百花谷。
此时的武妙涵已经十六岁，原来的双丫髻已换成了飞仙髻，正是豆蔻好年华。这些年，她除了随百花仙子学习丹药，还在修习《莲花心经》，那是仙霞派嫡传的仙级水属性筑道基法诀，水系的道法对于她来说最合适不过了，有《莲花心经》的加持，她已经出落得冰清玉洁，出尘脱俗，颇有几分仙女的气息。
与叶天行分别之时，武妙涵总觉得要和他说些什么的，而她却一改平常，竟不知该说些什么，她的目光一直没有离开他，她已经很久没有扯过他那双长耳朵了，她已经舍不得了。此去百花谷，不知何时才能再相见，一想到这，她就心下难过，泪水便蒙住了双眼，然而叶天行似乎全没注意到这些，在他的心里，他只是希望她好，永远的好。