面对嘉靖的严令，海瑞本来再次上疏，请求朝廷将他罢免，但是朱载坖去信海瑞，要求他他以百姓为重，地方的百姓刚刚遭受兵灾，亟待赈济，还在这里为了一些细枝末节的事情争论，朱载坖认为没有任何意义。
在朱载坖的劝说下，海瑞才勉强上任，但是海刚峰就是海刚峰，上来就给徐阁老上了强度，海瑞上任之后，经过一番考察之后，随即上疏内阁，要求以兵灾免去蓟州、遵化、迁安等县的税粮，同时为了安置灾民，朝廷还要拨粮十万石，银五万两，还有种子、农具 、耕牛等物。
徐阁老想都没想，除了拟票准允免去受俺答袭扰的州县赋税之外，其他的事一概没有，找徐阁老要钱，徐阁老还不知道从哪里找钱了。但是徐阶很明显低估了海瑞的搞事情能力，徐阶一决定不给钱，海瑞当即上疏，表示干不了这个顺天巡抚，您另请高明吧。
徐阶对于海瑞这般搞也是很无奈，只得以此为由，奏请嘉靖开内帑赈济百姓，在嘉靖的亲自干预下，嘉靖从内承运库发银五万两，太仓拨银十万石，用于赈济灾民，至于农具耕牛等物，万寿帝君也变不出来，海瑞自己去解决。
同时嘉靖还责成新任户部尚书马坤条陈理财之法，现在朝廷是到处缺钱，马坤作为户部尚书，被嘉靖委以重任，要求解决财政危机，马坤解决财政问题。
但是马坤本就是以庸才，面对这些问题很难给出什么有建设性的办法，反而是各处索要粮饷的奏疏纷至沓来，搞得马坤焦头烂额，昏招迭出。
首先是巡抚大同都御史张松奏大同灾伤，宗室禄米缺乏，请求朝廷拨给。徐阶将此疏发户部之后，马坤给出的解决方案竟然是暂借该镇今年主兵银四万两发给。
这下连徐阁老都不能忍了，合着你马坤就会欺负丘八爷是吧？在南京也是奏减军粮，这会大同的宗禄缺乏，你也从军饷里面克扣，除了这个你马坤就没有其他办法了是吧？
这次不用嘉靖或者朱载坖动手，徐阶就直接将马坤的回奏给打回去了，并且加以申斥。大同是什么地方？九边重镇，一旦因为军饷问题导致士卒闹饷、哗变甚至叛乱，你马坤有几颗脑袋够砍的？到时候连徐阁老都得吃瓜落，而且大同兵变可是有传统的。
嘉靖三年、嘉靖十二年两次兵变，甚至勾结小王子入寇，这些惨痛的教训徐阶是很清楚的，在徐阶看来，宗禄缺乏，拨给一些就行了，为此挪用军饷，那就是蠢的发指了，面对徐阶的申斥，马坤也只得再想办法筹措银子。
嘉靖三十八年就在一阵鸡飞狗跳当中过去了，嘉靖三十九年一开年，无论是嘉靖还是徐阶，都觉得今年不会是一个好年景，首先是一开年辽东的灾荒就扔在持续，嘉靖不得不下诏以灾伤免辽东广宁定辽左等二十五卫所屯粮有差，同时北直隶整个冬天都没有下雪，也使得朝臣们忧心忡忡。
虽然嘉靖多次斋醮乞雪之后，终于下了一场大雪，但是在朝臣们看来，北直隶今年灾荒的可能性还是很大。所以对于财政问题，不仅是徐阶很担忧，嘉靖也非常担忧，亲自过问此事，马坤也为此事条陈上疏。
除了整顿盐务等老生常谈的话题之外，马坤还提出了一点建议，就是吏部选除府州县管粮官员各送本部给催粮劄付，责令设法催征，如完成不及七分以上者照例住俸。
也就是对州县官吏和朝廷派出去的催粮官吏，如果不能催征到七成以上，就要停止发放俸禄。这条看似有杀伤力，实则毫无作用，连徐阶也是很无奈。
现在大明的官员，有几个是真的靠着俸禄吃饭的，发不发俸禄，对于他们来说根本无所谓。这下朱载坖都看不下去了，上疏认为马坤的这个处罚太轻，收不到税粮，就停发工资这么简单，那还不爽死他们了，他们随便从这个士绅们手中收取的贿赂，都是数倍于自己俸禄，朝廷这俸禄，不要也罢。
所以朱载坖毫不犹豫的剽窃了张太岳的考成法，上疏给嘉靖，要求在催督税粮这个问题上，在每个衙门都放三本簿籍，其中一本登记本衙门的事务，作为底册，将一些没有必要考察的公事进行剔除，然后再造两本一模一样的簿籍，一本放在六科，进行实行一件公务就注销一件，没能按时完成的就交给六科种所对应的科进行处理；另一本在内阁，以备内阁随时检查。实行随事考成的制度，一件事一考成，一个月一考成。
同时严格奖惩，对于无法完成催征的官员，要给予降级、革职甚至于削籍的严厉处罚，而不是仅仅住俸这么简单。当然朱载坖也知道，仅仅是这样，这些官员们为了考成会把本来应该由士绅地主们负担的税粮转嫁到普通百姓的身上，朱载坖还特地建议，凡是因为催征转嫁税粮激起民变的，一律严惩，下诏狱严审。
当然这种事情只能通过密疏上陈给嘉靖，没想到嘉靖收到朱载坖的密疏之后毫无反应，仅仅是下旨将马坤所要求的住俸改为降级，朱载坖本想接着上疏的，嘉靖派黄锦给了朱载坖四个字的口谕，过犹不及！既然嘉靖已经明确给了朱载坖答复，朱载坖也就不好多说了。
而此时，嘉靖正在无逸殿内思考着问题，今年一开年，嘉靖就已经觉得今年不是一个好年景了，陆炳自嘉靖三十八年以来身体就不大好，到了今年病情更是急剧恶化，锦衣卫的很多事情都是朱希孝在管了，而且据湖广传来的消息，回乡的陶仲文恐怕也不行了。
这让嘉靖的情绪更加低落了，他所信重的臣子们一个接一个的离去，使得嘉靖有一种自己的时代落幕了的感觉，严嵩去位，陆炳和陶仲文病重，嘉靖不得不为自己身后之事开始谋划了。