虽然高耀上位的方式有些不光彩，但是高耀的能力还是不错的，高耀刚刚上任，就详细计算统计了九边的京运年例，并且条陈上疏。
按照高耀的统计，各边应发年例军饷银：大同四十四万七千两、宣府二十四万两、山西十四万两、延绥二十七万五千两、易州五万三千两、蓟州三十七万四千两、密云十四万五千两、昌平六万五千两。
同时为了节省年例银的发放，对于离京师很近的蓟镇等处，高耀建议运京仓米二万石赴密云、二万石赴昌平、通仓米四万石赴蓟州抵年例，嘉靖对于高耀的建议都加以采纳。
高耀上任之后，确实是比之马坤要强多了，高耀上任之后，就要求各处追解其所逋欠之提编均徭银。同时要求科道和户部一道核算东南抗倭的军费，将结余的军饷，解运到部，以供朝廷支用。
同时高耀还要求清理京营的军籍，在兵部尚书杨博的支持下，清理京营占役三万七千余人，将提督营建戎政的好几位勋臣都拉下马来了。朱载坖也在关心这些事情，但是朱载坖没有关心这个事情，而是关心兵部和户部的扯皮去了。
之前兵部尚书杨博上疏嘉靖，兵部议命岁发帑银三万两充蓟镇抚赏属夷之用。嘉靖也御批同意了，但是到了户部这里，高耀压根就不买账，高耀表示粮缺乏议止发银六千。
这少的也太多了，杨博当然不干了，结果还没等杨博上疏扯皮了，高耀就为此上疏了，高耀向嘉靖上疏称：诸夷索赏数多，各关提调费无所出。乃私借募军银及克减月粮给之，此犹剜肉医疮，势必糜烂，祈请严禁之。
对于高耀的上疏，朱载坖倒是觉得很不错，上次欧阳安之所以兵败，导致蓟镇破口，就是因为关外的这些所谓的顺夷余俺答勾结，欺骗官军，以致大败，朱载坖认为拿银子给这个蛮夷，还不如给官军士卒们呢，赏赐，赏赐他们些铅子箭矢还差不多。
上次蓟镇破口之仇尚未得报，现在还敢向大明请赏，是可忍孰不可忍？
朱载坖随即上疏，支持高耀，朱载坖认为朝廷的有用之银，何必做此无用之事。蛮夷狡诈，岂是区区银钱可以收买的，何况之前欧阳安就是因为误信蛮夷，以致大败，大明必须要对这些人加以惩戒才行。
朱载坖的奏疏这次出人意料的得到了科道的支持，科道也认为与其如大笔赏赐这些蛮夷，不如用于选将练兵，振作军事。
嘉靖也采纳了朱载坖的意见，将这笔银子给了蓟镇总兵李成梁，要求他选练精骑，以拱卫京师。
嘉靖四十年就这样算是有惊无险的过去了，但是嘉靖在嘉靖四十一年年初的时候病了一场，虽然只是数日卧病，但是引起的朝堂震动可不小。
谁都没想到，嘉靖这个年号能够用四十年，这还是大明从没有过的事情。而嘉靖的这次卧病，也使得朝野的担心更加严重了，嘉靖已经五十六岁了，这在现在可是高寿了，好几代大明皇帝可都没活到这个岁数，但是国本虚悬，怎么能不令朝臣们极为担忧。
而且这次嘉靖大病痊愈之后，更加怠于政务，除了日常的奏疏批答，很少召见臣子了，首辅徐阶多次请求召对都被嘉靖以圣躬违和为由加以拒绝了。
这下使得朝廷更加不安，最后在阁臣的再三请求之下，嘉靖在迁居会新建的万寿宫之后，召见了阁臣，为了以防不测，徐阶甚至叫上了英国公张溶、成国公朱希忠和定国公徐延德三位勋臣，有他们在，勋卫和锦衣卫就会听从命令，以防内阁臣僚们进入西苑被控制。
嘉靖在万寿宫召见了徐阶等人，虽然嘉靖的身体已经痊愈了，但是经此一病，嘉靖的精气神也大不如前，见徐阶把三位国公都叫来了，嘉靖笑着说道：“徐阁老还是忒小心了一些。”
徐阶跪伏在地上说道：“陛下，得见天颜，臣不胜感激，陛下还要保重龙体啊。”
嘉靖摆摆手说道：“朕无恙，既然今日诸位都来了，有些事情就一并安排了吧。”
徐阶赶紧请嘉靖下旨，嘉靖说道：“陆绎守制也该结束了吧，陆绎守制结束之后，以锦衣卫指挥使掌南镇抚司事，还有就是临淮侯李庭竹，他到京师也有些时日了吧，英国公，你看在京营给他安排一个什么差事啊。”
英国公张溶赶紧说道：“陛下，五军营坐营官尚无人充任。”
嘉靖点了点头说道：“那就以临淮侯李庭竹佥书中军都督府，充五军营坐营官。”
嘉靖说道：“若是无事，诸卿就先退下吧，各奏疏拟票之后，朕自会批答的。”
诸位重臣这才退下，但是他们的忧虑并没有因此减少，徐阶作为内阁首辅，更是忧心忡忡，三位阁臣回到内阁再西苑的值房之后，徐阶随即和袁炜、李春芳商量起来了，之前内阁都是一位阁臣在西苑值守，两人在文渊阁办公，现在情况特殊，显然不能这样了，徐阶的意思是内阁必须两人在西苑值守。
李春芳说道：“首揆，那阁内就一人在文渊阁内，如何处理文书？”
徐阶说道：“老夫会奏请陛下增补阁臣的。”
在徐阶的安排之下，内阁现在都是两人在西苑内值守，同时徐阶向嘉靖上了密疏，要求嘉靖增补阁臣，同时还有一件事情，就是再次请求嘉靖立储，嘉靖对于徐阶的密疏，根本没有批复，在等待多日都没有消息之后，徐阶再次请求召见。
嘉靖这次倒是在无逸殿召见了徐阶，嘉靖问道：“徐阁老此来所为何事？”
徐阶说道：“陛下，臣此来是想问问臣的迷失陛下是否收到了？”
嘉靖闻言笑笑说道：“朕收到了，增补阁臣，就廷推吧，至于其他之事，不必多言，朕自有打算！”
徐阶说道：“臣自受陛下之命以来，即于内阁手书三事，最紧要之事就是以威福还主上，阁臣选任，非人臣之所能预者，臣请陛下圣断！”
嘉靖说道：“无妨，徐阁老可以密疏举荐嘛。”
徐阶再次叩头说道：“此非人臣之能预者！臣请陛下圣断！”
嘉靖这才说道：“既如此，稍后会有旨意的。”