朱载坖最近是感觉非常之忙，新任礼部尚书赵贞吉上任之后，奏疏就没有停过，除了太子大婚，朱载坖的万年吉壌也要开始筹备了。
朱载坖本人对此事很不爽，但是他也很清楚，这是大明祖制，朱载坖命令钦天监、礼部、工部择定陵寝，准备动工。
除此之外，吐鲁番也向大明遣使，大明派兵收复哈密，对于他们来说是沉重的打击，他们原本就在叶尔羌汗国的打击下极为困顿，现在大明收复哈密，使得他们地盘更加小了，他们这些遣使大明，是希望大明能够支持他们对抗叶尔羌。
但是据马芳了解到的情况，现在叶尔羌汗国势力相对较大，而吐鲁番陷入内乱以至衰落，马芳对于吐鲁番是不看好的。大明对于西域已经是非常陌生了，在这种情况下，朱载坖接受了吐鲁番使者呈递的奏疏，但是对于支持吐鲁番对抗叶尔羌汗国，朱载坖并没有立即就下定决心，而是命令朝廷和边疆的大员们讨论此事。
不过在大明君臣们看来，叶尔羌和吐鲁番本就是一家，没有什么区别。叶尔羌通过吐鲁番以朝贡的方式，同大明保持着朝贡关系，大明对于这些西域的小国不甚了解，朱载坖于是命令吐鲁番使臣上疏详细陈述现在的情况。
吐鲁番和叶尔羌本来都是东察合台汗国的余部，在原东察合台汗国境内出现了两个政权并存的局面，即占据喀什噶尔、阿克苏、和田等南疆大部分地区的叶尔羌汗国，以及占据吐鲁番、哈密的满速儿汗政权。
嘉靖二十二年，满速儿汗死，子沙汗继位。 后来，沙汗死于一次与瓦剌的战斗中。叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木就开始趁吐鲁番衰落，蚕食吐鲁番的地盘，吐鲁番本就不是叶尔羌汗国的对手，现在大明又将哈密夺走了，他们现在请求大明支持吐鲁番，他们愿意为大明藩篱。
朱载坖得知此事过后，还是召集中重臣们予以讨论，主要问题就是是否应该支持吐鲁番，以左都御史葛守礼、礼部尚书赵贞吉、户部尚书刘体乾为首的一派主张放任自流，他们认为吐鲁番本就不是什么善类，现在叶尔羌和吐鲁番互相攻伐，对于大明来说，何必置身于他们之间的斗争，任其内斗即可。
吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀、刑部尚书赵文华、工部尚书朱衡等人认为，应该支持吐鲁番，因为现在的吐鲁番已经无法对大明构成威胁了，对大明构成威胁的是叶尔羌了，一旦吐鲁番为叶尔羌所吞并，哈密就会直接面对叶尔羌，到时候大明还是要面对是否用兵的选择，不可能轻易将好不容易夺回来的哈密给放弃掉。
他们认为应当支持吐鲁番和叶尔羌汗国的对抗，御敌于国门之外，这样是最稳妥的办法。因为叶尔羌汗国现在兵锋正锐，大明需要将吃下来的土地消化掉，所以不便在西域大规模用兵，最好的办法就是扶持吐鲁番对抗叶尔羌汗国。
内阁也赞同杨博等人的观点，高拱就认为，吐鲁番、叶尔羌本系同源，都是东察合台汗国的后裔，他们现在虽然改信回教，但是他们终究是北虏，一旦叶尔羌将吐鲁番征服了，到时候叶尔羌汗国宣称自己是察合台汗国唯一,合法的继承人，率西域之众东征，要求恢复当年察合台汗国的故土，对于大明来说那可就不妙了。
所以高拱等阁臣的建议就是扶持吐鲁番，同时派遣使臣前往西域，调停叶尔羌和吐鲁番的纷争，给大明争取时间。朱载坖决定支持高拱等人的主张，介入西域事务，重振大明声威。
责成三边总制方逢时负责办理此事，还有就是马芳等参战将领的赏赐问题，朱载坖认为马芳、李成梁率军收复哈密，功在社稷，要予以赏赐，马芳由伯升侯，李成梁封伯，此举遭到了文官们反对，他们认为朱载坖即位以来对于武将的赏赐已经是过于丰厚了，现在马芳、李成梁又要重赏，他们当然不愿意了。
但是这次朱载坖并没有听从文官乃至于内阁的建议，朱载坖直接以中旨的形式下令，将马芳由丰州伯晋升为萝川侯，因为马芳是山西蔚州人，而蔚州古称萝川，故而以封马芳，李成梁封沙州伯，以表彰他们在克复哈密中所建功勋。
内阁在无法阻止朱载坖给马芳、李成梁封爵之后，转而提出建议，马芳已经五十六岁了，作为武将，经年作战，对于身体自然是极为不好的，现在马芳已经功成名就了，为了爱惜人才，内阁请求在京师为马芳建造宅邸，将其调回京师，保全马芳，在五军都督府任职即可。
朱载坖收到内阁的奏疏之后，不禁哑然失笑，内阁现在都明着搞了，朱载坖当然知道内阁的意思，就是要将马芳调回京师束之高阁限制起来，现在的五军都督府哪有什么实权，纯粹是勋臣养老的地方，马芳调回来的有什么用？
但是朱载坖考虑到马芳的年岁也确实不小了，调养一下也是应当的，于是下旨，沙州伯李成梁接替马芳担任提督陕西三边军务总兵官，大同镇总兵黑春暂代提督宣大山西军务总兵官，萝川侯马芳加左军都督府左督抚，少保兼太子太保、三千营总兵、协理国子武学事务大臣。
随马芳调回京师的还有三千精骑，朱载坖下令将这些马芳的亲兵直接编入三千营，成为京营的一部分，同时由俞大猷、马芳负责国子武学的事务，他们都是沙场宿将，朱载坖希望通过他们两人，为大明培养下一代的将帅。
除了这些事情之外，现在京城内外最关心的就是制科考试的事情，作为大明规格最高的考试，现在制科的第一阶段，也就是翰林院试已经完成了，一共有四十人通过了翰林院的考核，进入制科的阁试阶段。