在朱载坖的上谕之下，不管是海瑞、杨继盛等督抚大员，还是地方州县官吏，还是督册道叶春及等人，都迅速进入状态，开始对于苏松两府的黄册进行修订，同时按照计里画方的测绘方式，对苏松两府的舆图重新进行测绘。
朱载坖对于这次的舆图测绘，要求就是务必要真实、准备，不仅要对山川地理加以精确的测绘，还要对兵要地志、道路交通、水陆驿站加以精确的测绘，作为日后绘制军用交通图等地图的来源。
除此之外就是对于此事的经费保障了，朱载坖很清楚，没有银子是万万不能的，除了抽调国子监算学的生员和考选小吏之外，朱载坖和海瑞商量之后，从南直隶的留存钱粮中拨出三万两，朱载坖从内承运库拨出五万两，用作这次修订黄册的经费，除了纸张等物资的采买之外，就是给参加黄册修订的所有官员加工资。
黄册修订、舆图的测绘都属于野外作业，所以朱载坖特旨凡是野外作业的官吏，每月加一两银两的补助，同时本色米也增加五斗，作为朝廷对他们工作的嘉奖，地方州县要保障他们衣食，朱载坖有严旨，不准朝廷官吏向百姓索要财物，违者立马送哈密或者缅甸悟道去。
朱载坖虽然想在南京看着此事的推行，但是时间已经来不及了，不管是张居正还是在京师的高拱，都在催促朱载坖赶紧回京，因为一旦到了冬天，运河封冻，太后舟车劳顿，有所不便，所以高拱接连给朱载坖上疏，请求朱载坖回銮。朱载坖考虑到时间问题，还是决定回銮，在东南也待了快半年了，朱载坖也该回京了。
在召见海瑞等人，要求苏松等地有结果了之后立即通过驿站向朱载坖汇报之后，隆庆九年九月二十三日，朱载坖和杜太后的车驾启程，返回京师，对于南京的官员们来说，朱载坖的离开使得他们终于可以继续之前的摸鱼生活了。
回程就比来的时候要慢多了，在历经一个半月的行程之后，朱载坖的銮驾终于回到京师，入宫之后，皇太子朱翊釴赶紧向杜太后和朱载坖问安，朱载坖笑着问道：“监国感觉如何？”
朱翊釴说道：“父皇，这奏疏批答，多是无用之言。”
朱载坖笑笑说道：“这就对了，我们大明朝的官员，就喜欢无事生非，他们要是哪一天不无事生非的话，朕还有些不习惯了。”
朱翊釴监国最大的感受就是大明官员的无聊，每日的奏疏有不少都是破事，互相之间的攻讦，真正谈正事的奏疏不到十分之三，朱载坖早就习以为常了，这些奏疏朱载坖一向的态度就是置之不理，朱载坖还继续向朱翊釴询问监国期间有什么大事没有。
现在九边大体安定，不管是俺答还是打来孙都比较消停，九边并没有什么战事，唯一战事比较多的地方就是西域，李成梁在西域重拳出击，频频对哈密以西的西番部落用兵，几乎每月都有斩获上报，但是朱翊釴觉得李成梁过于残暴了，他认为朝廷已经占领了哈密，就应该和西番和睦相处，像李成梁这样频繁的对西番用兵，恐怕会激起西番的反抗，到时候西番和瓦剌联手与大明作对就麻烦了。
对于朱翊釴的担心，朱载坖认为是有些道理的，李成梁这个人，好大喜功是一贯的，他也不甘居于人下，功名心极重，现在马芳、俞大猷等人都已经封了侯，只有他李成梁封伯，朱载坖很清楚，这位肯定是心有不甘的，也想封侯，但是封侯是需要军功的，要首级的，那就只有向西番百姓借一借了。
不仅李成梁如此，现在很多大明官军的军官们都有些蠢蠢欲动了，朱载坖即位之后，对于军功封爵放松了，凡是能够为大明开疆拓土的将领，都能够封爵，军功升赏也比以前更加丰厚了，所以很多军官们 都有些跃跃欲试，想要捞取军功，但是现在大明九边就相对安宁，只有小规模的冲突，所以有些官员担心这些军官们认为制造事端。
朱翊釴也是受他们的影响，才认为李成梁过于轻佻，在西边屡屡生事，朱载坖对此倒并不介意，想要功名爵位，那是好事，大明就是需要一帮虎狼之师才行，不过朱载坖也很清楚，李成梁确实不是什么省油的灯，这样搞下去是会影响朱载坖的大棋的，朱载坖现在还不想再西域大动干戈，现在西域的目的就是稳定，大明要在哈密扎下根来才行，不要将西番的矛盾激化。
朱载坖于是命令召李成梁进京陛见，同时处理这六个月以来的各种文书，对于朱翊釴所做的决定，朱载坖都予以承认，同时再次发布上谕，在大明贯彻豁贱为良的法令，不仅仅是东南，北方地主一样有蓄奴的问题，朱载坖要求各地的官府予以严查，同时各地巡检司详细登记、清查户口。
在和内阁辅臣、左都御史葛守礼商量之后，朱载坖决定从都察院派出御史五十人，分赴各布政司督促巡检司对人口进行登记，同时天下卫所的户籍也要予以整顿了。
朱载坖命令五军都督府、卫尉寺负责卫所军籍的整理登记，命令五军都督府领导各都指挥使司，对天下卫所的户籍予以整理登记，不仅要登记在籍军士的户籍，所有见在人员都要全部登记，从小旗一直汇总到五军都督府，有玩忽懈怠的，令锦衣亲军和卫尉寺究问，同时各卫镇抚等负责军纪的军官专门监察，不允许隐瞒人丁，不仅是正军，军余子弟、见在人口都要统计。
朱载坖想知道，大明的二十一各都司、行都司，四百九十三个卫所，守御屯田群牧千户所三百五十九个，还有京营、亲军诸卫到底有多少军士，多少军余舍人，朱载坖要做到心中有数，同时就是逐渐给五军都督府恢复权力。