霍冀在奏疏中向朱载坖举荐了袁正、周于德、徐珏、郭琥等四人，他们都是在嘉靖朝成名的老将，也都是稳妥老成之人，霍冀认为现在大明的将领存在着几个问题。
第一就是青黄不接，马芳、俞大猷等人已经年纪不小了，戚继光、李成梁也是中年了，但是年轻一代的将帅还没有磨砺出来，未来能否有和马芳、戚继光一样名将，这是值得忧虑的事情。
第二就是这些武将的派系问题，霍冀认为，由于朱载坖的信重，现在戚继光部、马芳部、和李成梁部的大批军官得到晋升，使得着三个派系的军官现在在大明官军中占据很重要的地位，大量的重要岗位被他们所占据，霍冀认为这并非好事，要对他们各部进行掺沙子，同时朱载坖要任用其他非这些派系的军官担任要职，以保证对于军队的绝对控制。
对于霍冀的奏疏，朱载坖深以为然，尽管朱载坖正在用国子武学和武举的军官进入官军中担任各级将领的职务，但是现在朱载坖还是需要依靠这些老将来收拾各处的贼寇。
霍冀不仅举荐了袁正、周于德、徐珏、郭琥等四人，还对于他们的特点履历做了详细的介绍和点评，袁正是周尚文的亲兵出身，和马芳关系较为亲近，也是善于用骑兵的将领，郭琥常年在西北作战，有儒将之风，郭琥经常研究兵法，善于将春秋、战国时期及秦汉以来的很多生动的战例与手下将领一齐讨论，并讲给士兵听，很受时人敬佩。
周于德世淮安人，也是当世儒将，在抗倭中屡建功勋，善于在南方用兵，徐珏长期在蓟镇担任将帅，熟悉蓟辽的情况。
霍冀在奏疏中还表示了对李成梁等将门的忧虑，霍冀认为，将不专兵士保障大明安全的良策，而马芳的马家军已经被收入三千营了，对于李成梁的辽东将门，也要加以打散，不再允许他们豢养家丁。
对于霍冀的奏疏，朱载坖深以为然，朱载坖随即发布上谕对各镇的总兵予以调整，原提督陕西三边李成梁回朝听用，任中军都督府右都督，协助临淮侯李庭竹掌中军都督府事，原左军都督府右都督郭琥调任提督陕西三边军务，原广西总兵周于德调任漕运总兵，原漕运总兵卢镗调任前军都督府右都督、五军营总兵。
原任山西副将袁正调任京卫副都指挥使兼后军都督府右都督，协助训练亲军诸卫，原任大同副将徐珏升蓟镇总兵，原任蓟镇总兵麻锦，调任前军都督府右都督、神机营总兵。
同时，朱载坖没有经过吏部的廷推，直接发布诏书，原兵部尚书总督蓟辽等处军务事汪道昆回部管事，原巡抚四川都御史谭纶加兵部尚书衔总督蓟辽等处军务事，朱载坖之所以任命汪道昆为兵部尚书，主要是因为他足够听话，朱载坖在接下来的一段时间内，要对五军都督府和兵部的职权加以调整，加强对兵部的控制是必由之路。
朱载坖随后严令五军都督府对天下卫所的军籍予以整理，搞清楚卫所中到底还有多少可用之兵。
虽然科道多次上疏，但是朱载坖的意志坚定，这些清理卫所军籍的事情，朱载坖严旨要求五军都督府和各都司卫所如实上报军籍人员，同时为了保证军籍清理的顺利，朱载坖也要求兵部和都察院派出清军御史，监察五军都督府的工作。
朱载坖也召见了五军都督府的都督们，朱载坖说道：“朕可是为了你们，和外廷的文官差点翻脸，你们可得给朕精神点，别丢分，你们的祖上可都是刀枪里滚出来的！”
李庭竹赶紧说道：“臣等敢不尽心竭力！”
朱载坖说道：“不是尽心竭力，你们要把事情给朕办漂亮了，你们都是与国同休的勋臣，不仅是和朕做一世的君臣，你们的子孙还要的朕的子孙做君臣的啊！”
和这些勋臣们谈完之后，朱载坖单独把李庭竹留下来，他掌着中军都督府，掌管着南北直隶的卫所，这也是朱载坖最关心的事情，朱载坖说道：“中府的事情，临淮侯也要上上心，给朕争口气，就是朕想把曹国公还给李家，也要堵住他们的嘴不是吗？”
李庭竹听朱载坖这么说，赶紧跪下向朱载坖重重的磕头说道：“臣绝不负陛下所托！”
朱载坖的话算是打在了李庭竹最激动的地方了，李庭竹这一辈子最心心念念的是什么，就是光耀李家的门楣，想当年，李家可是大明第二尊贵的家族，就是魏国公也不能和他曹国公比，李家和皇室的关系是多亲近的，可以说是大明第二尊贵的家族了，那是被太祖写进祖训中的皇亲，可是现在呢？
人家徐家一门二公，李家还是蒙嘉靖的圣恩才得以复爵，还仅仅是侯爵，比之国公差远了，要是能够恢复曹国公的荣耀，他李庭竹也也算对得起李家列祖列宗了，朱载坖赶紧让李庭竹起来，然后说道：“朕还有一件私事相托。”
朱载坖接着说道：“卿对于勋臣家的待嫁嫡女，有没有熟悉的，太子也确实是该选妃了。”
朱载坖思虑再三，还是想看看勋臣中有没有什么合适的人选，好为太子册立一位太子妃，这可是极为重要的事情，李庭竹当即领命，私下里去询问此事。
朱载坖开始处理这些时日没有处理的政务，王直向朱载坖汇报，倭国有大量的红夷，倭人将大量的大明货物贩卖给红夷，借以从红夷手中获得西洋的军器等物，王直认为这对于大明控制倭国是不利的，而且王直打探到红夷在西洋比佛郎机实力更加雄厚，所以王直建议，直接由自己在琉球和红夷交易，这样还能增加内承运库的收入，同时截断倭国获取西洋先进军器的来源。
朱载坖认为王直的建议很合适，直接御批王直和驻倭国的蒋洲全权处理此事，只要将倭国和西夷联系切断就行。