朱载坖之所以一直没有将这个想法抛出，是因为朱载坖要观察臣子们反应，一直以来，大明就只有七个正二品衙门，六部加上都察院，其他的就算是大理寺这样的三法司要害衙门，不过仅仅是三品，所以对于在大明再设立一个二品衙门，朱载坖是很慎重的，这是将重八哥制定的祖制予以推翻了。
之前的所谓总理盐政、提督钞关等衙门，毕竟还是在六部体系之下的产物，并不算突破祖制，但是设立一个二品衙门与六部并驾齐驱，显然是对祖制的突破，所以朱载坖要慎重起见。
对于汪道昆和刘体乾的争执，朱载坖采取了放任的态度，静静看他们的表演，两位部堂争过一会之后，都请求朱载坖圣裁此事。
朱载坖笑着说道：“这海关，一定要归户部，或者兵部吗？朕看不一定吧，海关之重，上干朝廷，下系民生，不可不重，朕以为，归于户部，或者是归于兵部都似有不妥。”
朱载坖的看法很简单，海关应该单独设立一个衙门，从属于户部和兵部都不合适，海关既是一个和外国人打交道的衙门，又是现在朝廷的重要财源，同时海关麾下的缉私水师也是非常重要一支武装，所以归属了哪个衙门都不太合适，而是应该单独设立一个衙门，专门负责管理大明的进出口事务。
不仅仅是海上的贸易，陆地边境的贸易和征税也要由这个衙门来负责，所以朱载坖认为应当专门设立一个二品衙门来负责管理此事，与六部平级，当然，海关关税是要解运太仓的，同时海关下辖的缉私兵力，不管是水师还是陆军，也要受兵部的管理。
对于朱载坖的这个看法，重臣们是有些诧异的，毕竟朝廷六部七卿是惯例，这下海关也要升格为二品衙门，与六部七卿同列，这似乎有些过于出乎臣子们意料了。
但是朱载坖决心已定，他向臣子们陈述了自己的理由，六部是从尚书省演化而来的，之前六部确实可以应对大明的日常政务，但是现在显然不行了，海关就是很典型的例子，从执掌来说，海关的主要责任是为朝廷征收赋税，似乎是户部的业务，但是海关麾下由大量用于缉私的官兵，这又和兵部有关，由谁来管，都不合适。
最好的办法就是新设以衙门，专司此事，之所以海关要定为二品衙门，是因为海关的地位重要，不仅是海关关税现在在大明的收入中占据十分重要的地位，海关还是大明朝廷直接和外国交往的机构，当然要予以重视的，所以朱载坖的看法是将提督海关改为海关市舶总署衙门，长官为海关市舶使，海关市舶副使由缉私总兵兼任。下设市舶、税务、缉私、审计四司。
在各沿海沿边省份都是设立分司，负责管理当地的海关，征收关税，打击走私，各地的海关市舶分司长官为市舶使，市舶副使由缉私参将或者缉私副将兼任，同时在南京和广州设立巡视海关钦差右佥都御史，负责对东南、闽粤等地的海关衙门进行监察巡视，发现有贪墨行为的，立即上奏处置。
对于朱载坖的这个看法，内阁先是有点诧异，但是也并没有反对此事，户部则是认为海关由本来受户部监督现在变成了和户部平起平坐了，有些无法接受，但是朱载坖重申，有关财政事项，仍旧由户部管理，关税也要解运太仓，账目也要由户部审核，户部为此要专门单设一个机构，来负责管理审核海关、钞关、盐政等衙门的账目。
这事确实是让刘体乾很头疼的，现在朝廷的收入是增加了，但是各个衙门的账目也是成倍的增加，户部原本的十三个清吏司，以代管的方式去审核这些衙门的账目，已经不太现实了，工作量太大了，所以朱载坖所提出的新设衙门负责审计一事得到了刘体乾的赞同。
朱载坖顺势提出了设立单独的审计官署的决定，按照朱载坖的计划，在户部下设审计院，审计院使由户部左侍郎兼右都御史担任，专司对于朝廷各衙门账目包括南京各衙门账目的审计，只要发现问题，立刻具本题参，交都察院审理，朱载坖的这个建议倒是得到了大臣们支持。
账目审核一向是个非常痛苦的事情，户部原有的十三清吏司现在就只负责对于地方各布政使司的账目审核，同时为了一一对应，将十三清吏司增加到十五清吏司，增加辽东和缅甸两个清吏司，而朝廷各官署的账目则由审计院负责审核，以防止贪墨。
朱载坖要求将这些决定立刻拟定诏书，昭告天下。
而在外巡视的朱翊釴也向朱载坖发回了奏报，朱翊釴的第一站是河间府，这里是京南重镇，朱翊釴巡视了河间，甚至在严绍庭的护卫下还真的到田间地头去看了看，发现河间的百姓依旧很贫穷，土地产出太少，官府的徭役沉重，河间府要承担大量朝廷的摊派，而且河间府府还有大量的庄田，所以即便是朝廷减免赋税，这些百姓依旧过得很艰难。
这点朱载坖如何不知，北直隶的百姓，远不如南直隶了，不仅仅是因为土地产出少，更加重要的原因是这里的土地兼并十分严重，水旱灾荒又很频繁，再加上朝廷的各种摊派，百姓的生计艰难，一点也不奇怪。出任河间知府的是申时行，他在河间已经多次上疏要求减少摊派和徭役了，朱载坖也准允部分。
但是朱翊釴到河间与申时行见面之后，申时行仍旧认为朝廷对河间的征敛过重，帮扶太少，所以这次借朱翊釴到来的机会，申时行向朱载坖陈述了自己的看法。申时行认为，河北气候适宜种植棉花，但是当地的棉纺织技术落后，加之百姓贫穷，无力购买织机等工具，所以无法发展纺织业，申时行希望朝廷予以帮扶。