朱载坖命令卫尉寺和锦衣亲军对这次京操班军士卒的事件进行调查，但是外廷官员并没有就此罢休，不少的官员仍旧在给朱载坖上疏，极言练兵军务处的不可行，认为京操班军之所以出现问题，都是因为练兵军务处的问题。
河南道御史温纯、兵部主事萧大亨、御史李植等人都纷纷上疏，极言练兵军务处在此事中处置失当，导致哗变，对于这种说法，朱载坖并不认同，虽然这次的事情很恶劣，但是朱载坖很清楚这些人目的，他们真正的目的是想要给朱载坖压力，将练兵军务处废除，这是绝不可能的，朱载坖不会干这样的事情。
对于上疏的臣子，朱载坖予以处分，温纯、萧大亨罚俸降调外任，李植等人降调哈密、缅甸县令，以观后效。
同时陆绎等人也很快将参与哗变的士卒和有责任的军官名单上奏朱载坖，锦衣亲军和卫尉寺拟三等，第一等是带头闹事的士卒，卫尉寺拟斩立决，第二等是胁从闹事的士卒，卫尉寺拟绞立决、流放三千里不等，第三等是负有管束军队责任的相关军官，卫尉寺拟罢官等处分。
朱载坖当即否决了卫尉寺拟定的刑罚，又搞这种只诛首恶，胁从不问的把戏，对于这些士卒已经没有任何威慑力了，朱载坖这次不准备就这么轻轻放过这些人了，朱载坖当即御批，所涉案犯不分情节，不问职务，一体斩决，以彰朕严军法，明军纪之意也！
朱载坖的御批到了卫尉寺之后，卫尉卿赵锦、刑部尚书赵文华、左都御史葛守礼等人纷纷上疏劝谏朱载坖不要杀人太多，容易引起军心不稳，毕竟朝廷一向的态度就是只诛首恶，不问胁从，这次朱载坖大规模的杀戮闹事的军士，还是没有过的事情。
朱载坖当即批答这些重臣们奏疏，之前为什么朝廷采取只诛首恶的办法，那是因为朝廷之前确实是有错在先，之前为什么兵变频发，主要是因为官军长期缺饷、士兵待遇被剥夺以及军官贪腐，这些士卒哗变，朝廷是有很大责任的，所以朝廷采取相对温和的处理办法。
但是从朱载坖即位以来，对于军饷的保障力度前所未有，不仅保障军饷足额按时发放，还提升了军饷中本色的比例，想办法提高士卒的待遇，就拿这次的事情来说，朝廷并没有任何对不起士卒们的地方，朱载坖甚至提前发给饷银，严令地方州府保障军需，到了京师之后命令京通仓及时调拨粮食，朱载坖自问对于士卒们还是不错的。
但是他们犹不满足，动辄鼓噪闹事，朱载坖决不能忍，朱载坖亲自拟定诏书，要求练兵军务处传谕三军，朱载坖在上谕中说道：“说与天下士卒们知道，朕治军以法，今日之乱由士卒之骄，而士卒之骄由朝廷威令之废，朕断不能容，元恶不除，无以警后，是朕为申军法，明军纪，务使国法大伸，恶逆殄灭，毋得更事姑息，贻祸后方，犯事人等，不分官校，一体斩决，以彰军法之威也！”
朱载坖当即传谕赵锦等人，赐天子剑持节假节钺，召集三军观刑，将涉事的近千人一体斩决，以明朝廷军法军纪。
同时朱载坖召集练兵军务处的大臣们，制定大明的军队条例和修订军纪、军法，大明在建立之初，也曾经有一支军纪严明的军队，太祖在北伐的时候就告诫中山王徐达道：“毋杀人，毋携妇女，毋烧房屋， 违者依军法斩。”开国的名将如中山王徐达、岐阳王李文忠等人也都是治军严格的人。
太祖皇帝就曾经说过：“用兵必严号令，使赏罚明，赏罚既明，摧坚抚顺，易为成功。”
成祖皇帝也是娴于军务的，他深知兵众而不知律，必为寇所乘，所以治军一样很严格，但是随着天下承平日久，军纪松懈，各级将校率先放纵自己，士卒们连基本的温饱都不能满足，自然谈不上什么军纪了，朱载坖即位以来，一直致力于保障士卒的待遇，现在就要是严肃军纪，恩威并施的时候了，朱载坖可不想养出一帮五代的骄兵悍将来。
所以朱载坖要求练兵军务处制定通行全军的军纪条例，不仅仅要制定详细的条令条例，更要使得士卒们牢记条例，遵守条例，朱载坖对于新的条例，提出了三个意见，第一，确保士兵人人知我之令。即让每位士兵熟悉军纪条款，通过发放并抽查来加深记忆，犯小过者背诵条款可获减罚。 第二，同士兵阐明守纪之重要，告诫士兵军队旨在保护百姓，百姓养育之恩应铭记，危难之时应挺身而出，而非背信弃义，否则天理不容。第三，坚决执行纪律。有违犯纪律的，无论官爵大小，甚至是皇亲国戚，一律严惩。
朱载坖还特意指出，主要参考戚继光在蓟镇新军中实行的军法，制定简明通俗的条令条例。
而对于京操班军，在狠狠杀了一批刺头之后，朱载坖也给予了安抚，朱载坖从内承运库拨银，给当日没有参与的士卒每人赏银钱一两，然后从国子武学抽调军官到京操班军中担任基层军官，锻炼他们的带兵能力，朱载坖深知，带兵的要义是不能让士卒们闲下来，一旦士卒们闲下来，就很容易出事情。
所以朱载坖命令马芳等人，在休整完毕之后，将京操班军组织起来，立即展开训练，务必要认真操练，不得练习他们无用花哨之艺，要重点训练单兵武艺和协同作战能力，同时使士卒明金鼓、知号令，提高班操京军的反应能力。
而戚继光也向朱载坖上疏，再次提及家丁的问题，虽然朱载坖对于家丁已经做了很多限制，但是戚继光在奏疏中说：“各镇又专恃家丁杀贼，所部卒亦不练， 以此御虏，固宜其不恪也。”
现在九边将帅仍然很重视家丁，这对于大明官军来说是极为不利的。