这场风波过后，朝廷再也没有提及过要控制黑旗军的事情。
刘永福深知，虽然这次事件暂时解决了，但朝廷并不会给予黑旗军任何实质性的补偿。
面对这种局面，刘永福和其他黑旗军军官对朝堂越来越失望。他们觉得朝廷只是把他们当作工具来利用，并不真正关心他们的死活。
与此同时，黑旗军的幕后控制者陈琦通过情报分析，发现了一个重要的时机即将到来——八国联军即将进攻京师。这个消息让刘永福意识到，他可以借此机会扩大自己的势力范围。于是，刘永福开始积极策划下一步行动。
刘永福计划安排黑旗军收复对岸被倭寇占据的大岛，并以此作为据点，继续发展壮大自己的力量。同时，刘永福还打算以报效朝廷的名义，派遣黑旗军绞杀近海的敌国船只。这样一来，既能削弱敌人的实力，又能提高自己的威望。
刘永福的计划得到了黑旗军全体将士的支持。他们早已准备好了各种战斗物资，只等待刘永福一声令下。刘永福深知，这场战争将会异常激烈，但他坚信只要大家团结一致，就一定能够取得胜利。
在这样紧张的局势下，京师朝堂却完全蒙在鼓里，一无所知。而此时的黑旗军已经悄然完成了所有战争前的准备工作。他们将沿海的炮台和堡垒列为首要建设目标，这些防御工事将成为抵御外敌的第一道防线。与此同时，远在京师附近沿海监测的军情司成员们源源不断地将八国联军异动的消息传回总部。通过有针对性的探查消息，他们甚至成功地从他国商人和几国洋行那里获取到了入侵京师的详细计划。
面对如此重要的情报，刘永福果断决定将其上报给朝廷，并迅速发送至各个省份的督抚手中。然而，令人遗憾的是，朝廷对黑旗军的信任度极低，并未重视这份情报。于是，当八国联军终于登陆时，朝廷彻底傻眼了——他们的电报线被切断，与外界失去了联系。
与此同时，黑旗军的舰队也从各个港口出发，主动出击，攻击并俘虏一切帝国主义的船只。对于那些敢于反抗的敌人，他们毫不留情地炮击、击沉对方的船只，坚决消灭任何反抗的敌国公民。
紧接着，黑旗军开始收编周边几个省份的所有军事力量，并登陆被倭寇占领的岛屿，对岛上的敌人发起全面攻击。他们迅速肃清了岛上的敌军势力，成功收复失地。然后，黑旗军继续扩大战果，占据了海岸线两侧，建造了炮台，并派遣巡逻舰只，严密监控海域，不放过任何一艘敌国的船只。此外，他们还对几国在南方的租界和据点发动了猛烈的攻势，收缴了大量的财产，并逮捕了这些国家在大清的所有雇员。
随着黑旗军的行动，八国联军陷入了困境。他们失去了回程的海路，无法得到有效的补给。这使得八国联军变得愈发疯狂，但面对黑旗军强大的海上力量，他们的军舰却节节败退，大量的军舰被击沉，而商船则被俘虏。最终，八国联军被困在了北方的土地上。
与此同时，南方几省的督抚们主动提出“东南互保”的主张，企图置身于战争之外。然而，红灯照的烽火瞬间蔓延至整个东南地区，将这些督抚们困在了府城内。
无奈之下只能向朝廷和黑旗军求救，但黑旗军却以正在与外敌侵略者作战为由拒绝回应。此时的朝廷不仅失去了电报网络，还面临着八国联军的入侵，就连清朝的统治者也已逃离京城。
好不容易找到一处落脚点后，朝廷立刻派遣大臣与八国军队展开谈判。
然而，由于双方提出的条件差异过大，导致谈判多次陷入僵局。
首先，朝廷根本无法掌控黑旗军；其次，黑旗军对海上的封锁令八国军队陷入疯狂。
此外，大量租界被黑旗军解放并改设为特区，甚至有几国军队遭到击杀或抓捕。面对这种情况，朝廷为了能顺利完成谈判，不断派出八百里加急的信使，要求黑旗军停止海上封锁，但黑旗军对此毫不理会。
随着时间推移，八国联军逐渐完全占据京城，并准备全面控制这个国家。他们拉出一名皇室成员，企图拥立其成为新的皇帝，这一举动直接触怒了清朝高层，引发了他们的强烈反抗。
于是，朝廷开始全力集结军队，准备与八国联军展开一场生死决战。与此同时，东南部地区也陷入了一片混乱……
红灯罩起义军席卷了东南各省，黑旗军则一步步地向前推进，将红灯罩逐渐赶出了沿海地区，并顺势掌控了东南几个沿海省份。地方的抚督们意识到局势已变，他们清楚地知道黑旗军对这些地区的占领已成定局，因此大多选择顺从合作。最终，黑旗军成功肃清了大陆对面大岛上的倭寇，彻底收复了失地。
此时，黑旗军开始在其控制的各个地盘上积极征兵，以扩充兵力。新的陆军、新的海军等部队纷纷组建起来。同时，他们也在努力消化新的地盘，建立起有效的统治体系，恢复当地的经济，并加强基础设施建设。
然而，京师的混乱仍在持续，由于缺乏补给和弹药，八国联军只能蜷缩在京师内，依靠城墙进行防守。而大清的勤王军队与八国联军之间的战斗则互有胜负，双方陷入僵持状态。
而初九在团练部队不断的跟随黑旗军一起出击作战，也已经恢复了记忆。
在了解到现在的形势之后他选择留在黑旗军，并且利用自己的知识努力的想要晋升。
陈琦在知道情况之后，还助推了一把，不过初九身边都是军情司的人，所以也不怕他反叛。
而广府成了在战争里的世外桃源，一点没有受到战争的影响。
而没有参战的几个国家则是高兴坏了，他们可以和黑旗军做生意。