如果说袁崇焕之前的所作所为，都有理有据或情有可原的话，那么袁崇焕擅杀毛文龙的举动，就是一个完完全全的错误之举。
东江总兵毛文龙，可以说是一个半兵半匪的小军阀。
但毛文龙以朝鲜半岛西北部的皮岛为中心，构筑了一条封锁后金的海上战线，具有非常重要的战略意义。
有毛文龙在，皇太极就必须分出大量的兵力防备毛文龙，以防与大明作战时，被毛文龙偷家。
为了拉拢毛文龙，大明朝廷即便是觉得他难以驾驭，但还是赐予了他尚方宝剑，给了他相当的自主权。
袁崇焕出任蓟辽督师之后，毛文龙对于袁崇焕的命令执行得并不彻底。
崇祯元年（1628年）底，袁崇焕请求加强登莱海禁。
希望将辽东半岛沿海的航运权和制海权掌握于自己手中。
并通过垄断登莱、天津的运船来往，以此切断东江镇物资供应和经济来源，迫使毛文龙听命。
毛文龙对此极为不满，于崇祯二年（1629年）三月，上书抗议袁崇焕对他的封锁。
朝廷下令袁崇焕解除对毛文龙的封锁，并向毛文龙解释自己的目的，以安抚毛文龙。
没办法，袁崇焕只能被迫派徐琏运送火炮、器械给毛文龙，并向他解释自己这么做的原因。
之后，袁崇焕与毛文龙会晤于海上 ，但二人的会晤并不愉快。
在这个过程中，袁崇焕以宾客之礼接待毛文龙，但毛文龙由于心里有怨气，并没有表示对袁崇焕的尊敬，这愈发的坚定了袁崇焕处死毛文龙的决心。
之后，袁崇焕和毛文龙再次约定于旅顺双岛议事。
袁崇焕带着尚方宝剑和督师印出海，抵达双岛后，毛文龙带着手下的东江将士及女真、蒙古夷丁依次拜见袁崇焕。
原本袁崇焕对此十分满意，但是当听说身毛文龙身边的亲信都姓毛时，袁崇焕对此十分的不高兴。
在之后，袁崇焕向毛文龙所部的东江官兵颁赐赏银，并与毛文龙约定：旅顺以东听毛文龙的，旅顺以西听袁崇焕的。
但此后的行动中，袁崇焕命令毛文龙出兵收复镇江、旅顺两地，毛文龙没有理会。
因此，袁崇焕遂生杀毛之心，六月，袁崇焕假意邀请毛文龙来观看士兵演习。
袁崇焕命令手下的参将谢尚政，提前设好埋伏，等毛文龙进入后，袁崇焕厉声呵斥毛文龙在东江改道问题等诸多问题上的不听号令。
下令逮捕毛文龙，但毛文龙拒绝认罪，袁崇焕于是历数其十二当斩之罪：专制一方、欺君冒功、跋扈不臣、侵吞粮饷、私通岛夷、擅行任免、劫掠商人、好色诲淫、虐待辽民、谄媚魏阉、掩败为功、观望养寇。
最后袁崇焕当着众将士的面说道，“今日杀了毛文龙，本督师若不能恢复全辽，愿偿尔命！”
毛文龙所部的麾下将士，都叩头为毛文龙求情。
毛文龙也察觉到了袁崇焕的杀意，于是他本人也开口求饶。
但袁崇焕深知，开弓没有回头箭，于是袁崇焕拒绝了众将士的求情。
请出了崇祯御赐的尚方宝剑，令水营都司赵可教、何麟图监斩，旗牌官张国柄行刑，用尚方宝剑斩杀了东江总兵毛文龙。
袁崇焕斩杀毛文龙后，将原东江军分为四协，分别以毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛统领。
并任命陈继盛，暂时代管东江镇，并将带来的白银赏给东江官兵，每人得赏银三两。
此外，袁崇焕还亲自到毛文龙棺前焚香祭拜，并表示，“昨日斩尔，是朝廷大法；今日祭尔，是我辈私情。”言罢还当着众人落泪。
待一切布置完毕后，袁崇焕返回宁远，上书崇祯帝请罪。
虽然袁崇焕强调了自己此举是为了整肃军纪。
但崇祯帝还是对袁崇焕不请示而擅杀大将的行为十分生气，但崇祯帝此时正倚重袁崇焕。
便下旨斥责了毛文龙的死有余辜，并嘉奖了袁崇焕的果断行动。
之后，将东江军队，进一步缩编为东、西（左、右）二协，分别以陈继盛及刘兴祚统领。
袁崇焕杀毛文龙后不久，与建奴的和谈破裂，双边关系再度紧张。
崇祯二年（1629年）十月，为嘉奖袁崇焕抵御建奴的功劳，崇祯帝加封袁崇焕为太子太保。
当袁崇焕沉浸在升官的喜悦中时，皇太极正准备西征事宜。
皇太极的攻击目标有两个，一个是林丹汗的察哈尔部，另一个则是崇祯帝的大明。
经过思考，皇太极最终决定攻明。
但此次攻明，皇太极并没有选择越过关、宁、锦防线攻明。
而是从大明东北边防中最薄弱的蓟州长城突破。
在皇太极的谋划下，蓟州镇辖下的龙井关、大安口、汉儿庄、马兰峪、洪山口等要塞陆续被建奴攻克。
蓟州的明军全线溃败，最开始袁崇焕望见长城烽火，听说是蒙古侵犯遵化，对此还不太担心。
仅仅是派赵率教出兵救援，等到他陆续的接到蓟州道以及蓟辽总督刘策等送来的急报后，袁崇焕才了解到事态的严重性。
袁崇焕立马与刚赶到山海关的祖大寿、何可纲商议此事。
祖大寿建议直奔蓟州，以保护京师，但也有人建议营救遵化或直捣建奴老巢。
最终袁崇焕听从祖大寿之议，率军急赴蓟州。
建奴突然进攻北京城，让崇祯帝大惊失色。
北京城一时间危在旦夕。
幸得袁崇焕率军紧急救援，才将建奴击退。
但袁崇焕在北京城外抵御后金时，北京城内出现袁崇焕“引敌胁和”的传闻。
甚至还流传起“杀了袁崇焕，鞑子走一半”、“拿了袁崇焕，大家吃太平宴”的民谣并流传宫中。
此外，在城外有田庄地产的勋戚和大太监也对袁崇焕不满，纷纷向崇祯帝告袁崇焕的状。
最终 兵部尚书申用懋派幕客沈自征到袁崇焕军中，劝袁崇焕入城以息谣言，袁崇焕答应，沈自征又说让他先回城禀告，然后袁崇焕再入城。
后来，崇祯帝召见袁崇焕及祖大寿、满桂、黑云龙诸将及兵部尚书申用懋于平台。
已知道城中谣言的袁崇焕很不安，将宣旨的宦官留在营中，自己穿着青衣玄帽入城，力陈后金军势强大，暗示与后金议和。
崇祯帝对袁崇焕优礼有加，不仅起身慰劳，还脱下自己穿的貂裘赐给他，又与祖大寿各受赐银盔甲一副，并赐御膳。
然而当袁崇焕请求率兵入城休整时，崇祯帝断然拒绝，袁崇焕请只放三千人进城，崇祯帝说：“即三十人亦不可！”二十五日，袁崇焕又请“外城休士”，并请辅臣出援，崇祯帝的回应都是“不许”。
相反，满桂的部队则获准入外城休整。可见崇祯帝对袁崇焕已不再信任。