孔有德从军事角度判断出新军的处境非但没有好转反而更加恶劣：“自己不据山河据平地，朝廷大军日可袭。”孙元化晓以利害明以大义正和他心意：“古往今来的造反志士不计其数，事业有成者屈指可数，能够不反朝廷还是不反的好。”
大伙很快形成统一意见，请来文房四宝。孔有德研墨，耿仲明铺纸，孙元化动笔向朝廷讲述新军遭遇，请求皇上慈悲为怀给失足人一个回头是岸的机会。
其时高迎祥率领的流寇越来越多渐成燎原之势，朝廷好不容易将他们困在车箱峡准备一举歼灭，哪里想到距京师几百里的地方突然闹兵变，规模过万。崇祯皇上十分震惊，不得不将大批军队调到山东准备镇压，如此一来围堵车箱峡的兵力大为不足，物资更是匮乏，他们也耗不了多久。高迎祥、李自成趁机以诈降之法出了峡谷立即又反。
煮熟的鸭子都飞走，崇祯皇帝气得险些脑溢血，现在他忙于调兵遣将追剿农民军无暇顾及他处。在崇祯眼中农民军是死敌，务必剿灭，孔有德这种闹饷的事情每天都在发生，根本不是什么大事，略加恫吓就会平息。真如他所料，镇压的军队还没有走到山东，乱兵们就将乞降书送到北京城，声称只要朝廷对他们既往不咎他们就投降。崇祯帝本着事急从权的原则，命令孙元化带罪招抚。为给叛军增加压力，警告其不要存有幻想，迫其早点投降，崇祯帝调动军队的速度一点没有减缓。他心中打定主意，招抚成功之后立即把这支叛军派到山海关同满洲拼个你死我活，将解放出来的其它军队派去围剿流寇。
事情发展到这里吴桥兵变眼看就要画上一个句号，可惜猪明王朝罪孽深重，真正的暴乱尚未开始。
巡按王道纯最是瞧不起军汉，最痛恨讨饷的桀骜。在他眼中军人们就应该忍饥挨饿保护他们这些脑满肠肥的朝廷官员，饿死都要认为义之所为，来生继续奉献，不能有一丝一毫的不满，凡是敢于反抗的都要杀死。孔有德一伙灭杀豪门，抢劫百姓，袭击同袍，攻占城池，威勒朝廷，条条皆是十恶不赦的死罪，若是无罪开释必使其它军汉争先效仿，从此国将不国。为惩前毖后震慑不轨，皇上的圣旨我扣下不发，并且到京师散布谣言，说孙元化已经投敌叛变，投降书乃缓兵之计。
要用缓兵之计必有援兵到来，孔有德他们哪来的援兵？若是麻痹朝廷突袭其它城池，孔有德他们为何按兵不动？若是拖延时间以备战，纯属多此一举。
王道纯的计策破绽百出不值一提，奈何朝中奸臣争权夺利不择手段，立即以此为据党同伐异，一口咬定孙元化已经造反，哄骗住大量无知朝臣随声附和，朝中顿时吵成一团。
孔有德等人长时间得不到朝廷赦免的圣旨，又见平叛大军越来越多，莱州知府朱万年更是加紧备战。他将海防和城外兵调入城中，城外各村镇的粮食大量运往城内，还在城中加强治安约束，逐户清查，发动百姓清街设岗加固城防。旬日间又有几路大军先后赶到，这一切都表明朝廷在为武力镇压作准备。
以寡敌众必须先发制人出奇制胜，孔有德他们决定这么干。孙元化岂能允许他们攻击朝廷大军，反复劝说下他们答应军事行动缓上一缓。孙元化认定有奸佞小人从中作梗，不然是抚是战朝廷都有消息传来，决定亲自回京向皇上禀告实情。孔有德他们对孙元化从来没有囚禁之心，非常高兴的派张焘带兵送孙元化、王徽、宋光兰等人前往京城，他们双方做梦都没有想到这是他们兄弟最后一次见面。
孔有德一向料事如神，这一次却出现大错。他通过理性考虑得出孙元化是化解山东兵变的最关键人物，崇祯对孙元化小惩一番再启用最符合朝廷利益。可惜腐败透顶的朱明朝廷都是些利令智昏的败类，他们根本就在乎朝廷利益。
王道纯得知孙元化被叛军放回，他截留圣旨的大罪行马上就要被拆穿，他立即采取补救策略：首先将孙元化一行人等全部拿下交给锦衣卫施以严刑，意图屈打成招。孙元化在镇抚司狱中遭受酷刑 “手受刑五次，加掠二百馀。”然后主动偷袭新军挑起战火。
吴桥兵变本是军民冲突的小事，中央根本不知道，当新军稀里糊涂席卷半个山东后，中央想不知道都难。朝廷官员立即分成三派：一派以首辅周延儒，徐光启为首的鸽派，认为登州之乱可以和平解决。徐光启更是愿以全家性命作保，力证孙元化没有投敌。
第二派是孙元化政敌组成的鹰派，他们多次截留山东军饷，被孙元化上书指名大骂。有此报复的机会岂能放过，他们力指孙元化投敌，应以大军压境全歼叛军。
广东道御史宋贤上疏崇祯帝，公开抨击：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞于江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”
广西道试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德，又说张焘“卸罪于波涛，借词于风汛”。
他们明着指责孙元化，潜攻东林出身之大学士周延儒，要求废止东江、登州两镇。
第三派是部分支持孙元化的东林分子组成的中立派。他们开始主张招抚叛军，后来中王道纯流言，认为孙元化已经叛变，转而大力支持镇压。孙元化主动返回京师，他们意识到自己单凭流言上书皇上，已经构成诬陷同僚罪。承认错误就要承担后果，没有人愿意承担后果。他们索性将错就错一错到底，一口咬定孙元化罪大恶极，罪不容诛，罪该万死。中左两派合力攻击右派。
曾经力主处死袁崇焕的温体仁，公开诬陷当朝首辅周延儒收过孙元化贿赂，所以给孙元化开脱。指责徐光启保护孙元化的原因是他们不仅是师徒，更是儿女亲家，典型的徇私枉法无父无君。
温体仁还给吴桥兵变的巨大损失列出清单反颜皇上，质问崇祯帝是不是个秉公办事的明君。
大量目光短浅刚正不阿的白痴受其影响对孙元化穷追猛打不死不休，根本没有想过命他戴罪立功挽回损失。
崇祯帝为了表示自己是位执法如山的明君，下令处死孙元化。
孙元化被斩不到一年，徐光启就因为伤心失意死去。他的离去意味着西方科技派在华夏大地上彻底消亡。
朝廷的死刑判决下达之后，王徽到死牢探望，孙元化在好友丝带上写道：“不意一片痴肠，终成大梦，潦倒诏狱，卧废已死。”
几日后老外汤若望买通关节，化妆成收粪工进入镇抚司诏狱给孙元化做最后的弥撒。孙元化托这位教友给自己的三个儿子传话：“不准因为父亲被冤杀而报怨朝廷。不要当官，要把我的遗作整理出来献给国家。”
孙元化对国家民族的忠诚惊天地泣鬼神，奈何他感动天感动地，唯独感动不了汉猪。他的冤死是中华民族的巨大损失。
孙元化死后，他的同伴纷纷遭到清算：张焘处死，宋光兰、王征、余大成充军，王徽罢官谪戍。
自然科技在中国的传播发展就此停滞三百年，使得大汉民族先后被满族、西洋、东洋殖民四百年。
林则徐为向殖民头子满清皇帝谄媚，在对西洋一无所知的情况下就敢撕破脸皮暴力禁烟，最后被人家打得满地找牙，暴露出满清的腐败虚弱，导致西洋同满清王朝对中华大地的殖民争夺战一次又一次连续暴发。
林则徐战争一败涂地，禁烟令全部取消，割地赔款首现，鸦片毒害依旧，白银外流无阻，勘称处处失败，与国与家毫无贡献，却被某些文人吹捧为中华正眼看世界第一人。当真放屁。
领先半步是天才，领先三步是疯子。林则徐只是领先半步，祸到临头方才发现，所以他成为天才成为先驱。林则徐就没有想过隐忍一两年，充分了解敌人作好准备之后再动手，他不管三七二十一上来就蛮干，用落后的经验对付未知的敌人，焉有不败之理。
林则徐罢官流放后写下“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的诗句。如果同时代的印度人发下这样的抱负，誓志向英国女皇效忠，中国人一定嘲笑阿三一族奴性入骨天生贱种，落到自己人身上就成为民族英雄。真不知道中国人的是非观是怎么来的！
孙元化在西洋人尚未对中华形成超越的时候就将西洋人当作大敌，大力学习西方科技，大力推广西方科技，尤其是军事科技。林则徐的所作所为只在孙元化他老人家范围之内，不在他老人家范围之外，单凭这一点他老人家就领先同族三百年。在汉人同族眼中只能是一个彻头彻尾的疯子，必须被遗忘，被诅咒，绝对不能成为圣贤。