山东省打得如火如荼，朝廷突然下令平叛大军终止行动保持克制。原来一部分参与冤杀孙元化、逼反孔有德的主战派改换门庭主张招抚，要以和平的姿态向叛乱兵马释放善意。
在那些自视极高的朝廷大员眼中天下军汉都是家养的狗，是呼来喝的奴才，高兴了扔块吃剩下的骨头，不高兴了一顿拳打脚踢，再饿你几顿，狗要敢呲牙，我就放别的狗咬死你，山东新军也不例外。举人出身的孙元化能得到山东新军拥戴，我们三榜进士一二品大员更应该是他们仰视的存在。我们说既往不咎，那些叛乱的山东狗还不得感恩戴德，撒着欢的跑过来要求拴链子求效忠。
什么是主观意识?这就是主观意识。朝廷的高官们也不想想，自吴桥兵变以来朝廷多次出尔反尔，明抚暗剿，忽抚忽剿，哪里还有诚信可言！事关生死谁肯轻信他人？如今山东杀得血流成河，造反的士兵无不害怕朝廷怀恨在心玩一招口惠而实不至，骗自己放下武器然后翻脸不认人，大家个个不得好死。现在山东叛军占据上风，根本不存在招降的可能性。可是明廷不这么认为，他们派出辽籍文官中官衔最高的张国臣前往招抚。
李九成对明庭的反复无常糊涂幼稚感到吃惊：“以前孔有德求招抚的时候你们不招抚，现在晚了。既然你们自己送上门来就别怪我玩阴的。”他立即写信向张国臣诉苦，声明造反的不得已，请求皇上宽宏大量从轻发落云云。
张国臣因为祖籍的原因对这次荒唐的兵变相当关注，对参与叛乱的战士相当怜悯，对他们的战斗力十分赞赏（若不是震惊于山东新军的战斗力，明廷中央就不会出现剿抚之争，而是一味镇压。可见欺软怕硬不只是个人行为，政府也不例外），他希望和平解决兵变，终结桑梓兵燹。张国臣再次重申朝廷的命令，严禁城中的军民和各路援军擅自出战，以免破坏抚局。
徐从治得到双方议和的消息后惊得目瞪口呆。他认为新军的造反原因不重要，就算是官逼民反逼上梁山，也要一逼到底逼死为止，现在重要的将之剿灭。
莱州四位大员联名上书，派人趁夜潜出城，将这封奏章送到北京阐明战况，请求皇帝不要再招抚，要全力以赴围剿叛军。
他们在奏章中动情地说：“莱城被围五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必为抚议误矣。国臣致书臣，内抄诏旨并兵部谕帖，乃知部臣已据国臣报，达圣听。夫国臣桑梓情重，忍欺圣明而陷封疆。 … …臣等死当为厉鬼以杀贼，断不敢以抚谩至尊，淆国是，误封疆，而戕生命也。”
这封重要的奏章同孙元化那封重要的奏章一样被人扣押截留，崇祯帝根本没有看到。原因完全相反：
孙元化的着作令鹰派不满，认为其过于妥协退让没有斗争精神，故而将之封印。
徐从治的奏章令鸽派不满，认为其过于激化矛盾有碍社会和谐，故而将之封印。
两封内容相反同样重要的奏章都被官员扣压，由此可见以下克上的老祖宗不是日本皇军，而是汉族官员。
全国各地的援军汇集青州，由于两位巡抚一个知府被围莱州无人统一指挥，援军只能停顿不前。朝廷再次任命兵部右侍郎刘宇烈为总督，全权指挥各路援军，与他一起来的还有京城神机营和五门红夷大炮。
刘宇烈身为兵部侍郎，对这次兵变细节一清二楚，他认为官兵叛变是被地方官员所迫不得已而为之，只要朝廷动之以情待之以宽，未必没有挽回的余地。山东新军战力强悍，乃国之重器，随意毁弃殊为不智。时至今日，山东叛军攻城多座却不曾犯下天怒人怨的暴行，比之四处杀戮形同洪水猛兽的流寇胜强百倍。流寇一日便不灭便有千万人死与其手，为害之烈尤在满洲狄夷之上，朝廷上下剿灭之心急如星火，不敢有丝毫懈怠。山东叛军虽在攻城，但莱州坚如磐石，四面大军合围其势已颓，自己以势压人，以仁待人，山东叛军自知不敌定会投降。为向山东新军施放善意，刘宇烈释放了被俘的叛军兵将，借他们之口宣扬朝廷的仁慈。
李九成见到被捕的手下重新回来，伤势痊愈身体完好，还胖了不少。他高兴的不知如何是好，更高兴的是士兵们带回来的最新军情。李九成立即制定作战计划，亲手书写回信送与刘宇烈，详细书写投降条件，要求保证所有叛军的生命财产安全。李九成自己知道：“投降是不可能的，孔有德的师兄高迎祥刚刚发来消息，声称朝廷诱其投降后准备对整个义军队伍进行大屠杀，若非他们早有准备先下手为强已经尽数横死。既然朝廷敢对放下武器的农民军搞屠杀，为什么不敢对放下武器的山东军搞屠杀？为了我和我的兄弟们的性命安全我们绝不投降。”
刘宇烈没有换位思考，他不知道新军战士们最畏惧的就是投降：手里拿着武器命运握在自己手上，放下武器命运交到别人手里，而这个人还是反复无常的朝廷。明廷素无信义，就算不杀我们也会罚终生苦役，与其被下吏折磨至死，不如轰轰烈烈战斗到死。
刘宇烈一介文官，饱受儒家思想荼毒，哪里知道兵不厌诈的道理。他接到李九成回信后只知道欣喜若狂，认为信中的条件不成问题，马上就可以结束这场闹剧似的叛乱，自己跟着就要连升三级。
李九成看到诈降信奏效，刘宇烈既不准备进攻，也不注意防御，立即派孔有德率骑兵绕到明庭援军后路突然袭击，一把火将刘宇烈军辎重粮草焚烧干净。
刘宇烈得闻消息惊得瘫倒在地，他不懂军事可也知道粮草尽失的后果。
没有生死磨砺的人遇到生命危险的第一个想法是逃跑，而不是压制住恐惧想办法稳住阵势。
刘宇烈惊慌失措的下令部队拔营撤退，既没有指明先后顺序，也没有指定指挥军官。军心顿时大乱，谁也不想留下来断后送死，十几万大军一窝蜂的往回跑，哪里还有阵形可言！山东新军趁机掩杀，在沙河畔将之彻底击溃，神机营的火炮全部落入李九成手中。
明军东路驻守宁海的总兵吴安邦，按计划从东面夹击叛军于登州，也听信了新军的诈降，大摇大摆走进埋伏圈被打得溃不成军，只得退守宁海。
在登州的东面，有宁海、文登、海阳等海防卫所，驻有大量士兵，但他们不是酒囊饭袋，就是畏敌如虎，或是兔死狐悲，不敢向新军出击，只能龟缩不出。山东新军兵少将寡无暇东顾，也没把这些卫所军放在眼里，认为的这些州县迟早是他们的囊中之物。
莱州的军民在援军不至的情况下依然顽强坚守。四月十六日，山东巡抚徐从治中炮身亡，莱州全城军民无不痛哭。
不明战况的崇祯帝还在准备招抚，他又任命辽将前往招降叛军。
辽将孙应龙与耿仲明旧交甚好，他写书信劝降耿仲明。
耿仲明真不知道孙应龙的思维有没有逻辑性：你我不过是数面之缘，喝喝酒吃吃肉，彼此相识的点头之交，你大谈友谊要我杀掉孔有德反正。你怎么不想想我和孔有德是什么关系?他不仅是我发小，更是我的导师，是我并肩作战出生入死多年的亲密战友。你要我为了维护你那点友谊就去杀害我大哥，去作丧尽友谊的事，那还跟我讲什么意气？既然你自己送上门来如果不阴你一把岂不是太对不起你的友谊。
耿仲明随便找一个人头送过去，说他已经斩了孔有德，让孙应龙迅速赶来受降。孙应龙立即被平叛第一功冲昏头脑，来不及找人验证这是不是孔有德的人头就高高兴兴率领海军舰队从天津直奔登州。
耿仲明在港口相迎，孙军水师长驱直入进入港湾，孙应龙上岸接收战果。这时海上炮响，登州水师堵住海港出口，岸上冒出黑压压的一大片军队，把他们团团包围。孙应龙大惊，突觉一个冰冷之物透过胸口直入心肺反复进出，耳边听耿仲明道：“这么简单的计策都看不出来，你是怎么当上将军的？正是因为你这样的废物太多朝廷才会连续败给满洲狗，害得我家破人亡流离失所，你给我去死吧。”
孙应龙刚一上岸就被耿仲明斩杀，带来士兵又被四面包围只能投降，大量的战船成为耿仲明的战利品。
耿仲明现抓现审问，得知孙应龙给黄龙通报过军情，皮岛水师也会在这一天到来。耿仲明立即派手下操船出海准备故计重施歼灭黄龙。
无论是孔家寨，还是皮岛、登州，别的不多，操船开炮的老手有的是，大家使用的船只都是相同规格，分配一下人手，不过一个时辰天津水师就拔锚起航。
黄龙不知孙应龙已经全军覆没，他带着水师来到登州海域，看到天津水师打着孙字帅旗正在航行。黄龙大喜，认为自己来的不晚，受降仪式上还有一席之地，命令舰队加速一定要赶在天津水师前面进入登州港。
两支水师靠近，黄龙走上船头正要喝问孙应龙何在？突然炮声作响，接着天津水师百炮齐发。黄龙水师毫无防备，纷纷被击中起火。原来一个叛军新炮手战前紧张，没有等黄龙进入港口成为瓮中之鳖，他心急之下点燃引线。耿仲明气得直骂娘，事已至此只能将错就错，全部大炮一起开火。