原来奈特已经找到了他的孩子，现在担任学院领导人的圣父。但和游戏中不一样的是，当他把诺拉一起叫到学院里的时候，他们的孩子尚恩因为绝症已经奄奄一息，最后死在了他们的怀里。但这比游戏里面已经幸运得多了，至少在时隔60年后，他们一家又重新团聚了。
不过临死前圣父尚恩把自己的位置交给了奈特，奈特通过一系列谈判与战斗镇压了学院里的反对者后。以承诺停止对地面的所有敌对行为。不再使用合成人替换废土居民，释放所有愿意自由的合成人以及暂停有自我意识的和成人制造为代价取得了铁路的和解。
当然铁路方面也承认，之前洗掉合成人的记忆并注入他们编织好的记忆以及对合成人整容之类的事情，只是在那种困难的环境下的某种应急措施。以后他们只会重新编织自愿改变记忆的合成人的记忆。
现在奈特希望作为民兵将军的莱恩和他合作，集中铁路，学院与民兵的力量重建这片土地上的秩序。
“那钢铁兄弟会呢？”莱恩问道。
“我现在就希望能集合我们的力量让兄弟会坐到谈判桌前来，毕竟这片土地上已经流了太多的鲜血了。”
“好吧，谈判那天叫上我，我和你们一起去。”莱恩答应了奈特的请求。
最后莱恩问了奈特了一个上辈子玩游戏就没搞明白的问题：“为什么学院要制作第三代合成人？明明第一代合成人就能完成的工作，学院为什么非要制作出有自我意识的合成人给自己添堵？”
“我想这是学院里人长时间自我封闭后，看见地面上的落后与愚昧后把自己当成了神灵的原因吧。”奈特用有些无奈的语气说道。
“所以他们妄图制造一种新的生命取代现有的人类，然后他们作为高高在上神灵统治一切。”
“果然如同伟人说的那样，路线错了，知识越多越反动。”莱恩感慨道。“如果学院技术不用在这种歪门邪道上，而是用来改变联邦废土的话。很可能联邦现在已经变成了适合人类生存的好地方了。”
“没错，这就是我为什么选择接受学院领导权的原因了。虽然我依然恨他们夺走了我的孩子，也厌恶他们之前的所作所为。但我知道它里面的技术说不定能改变整个世界，所以，我希望我可以改变学院让学院真正回到正轨上来，为他们之前的所作所为赎罪。我觉得这样子对整个联邦甚至整个世界来说，远比为了一时痛快彻底摧毁它更好。”奈特有些痛苦，但依然坚定的说。
“你说得对。”莱恩踮起脚拍了拍奈特肩膀。“我希望未来无论如何都能让这片废土上的生灵团结起来，动员一切力量改变这个世界。虽然我对于这个世界来说只是一个路过这里的旅行者，但我依然希望这个世界会有未来。毕竟你知道我是一个位面商人，只有每一个世界都变得繁荣起来，我才能赚到更多的好处。”
奈特这时候也从痛苦中恢复过来，“无论如何都要谢谢你，莱恩。至少在你帮助下，各个据点与农场都是焕发出了新的生机。反正我一路过来的时候遭到袭击的次数要比我离开的时候要少得多了。”
当天，奈特就在庇护山庄住下。现在民兵的司令部被安置在庇护山庄了，因为这里有更大的发展空间。而原来的城堡则作为民兵的一个重要要塞与东部沿海新兵训练中心。
庇护山庄之前也做了不少的建设，民兵们动用了大量的人力和机器人围着111号避难所的小山上修建了一座新的要塞群，并在里面设置了医院，仓库和学校。而把庇护山庄作为要塞附属的城市供大家居住和种植。
由于庇护山庄这里的土壤已经被彻底的净化了，所以建设起了大量的大棚，并利用修好的电脑与机器人把大棚变成了智能自动化农场。
正因为有了大棚的存在，植物们才能避开辐射风暴与辐射雨健康成长。现在，这些基本消除了辐射与病毒污染的庇护山庄的农产品成为了这片废土上居民的新宠，而民兵发行的食品券则有成为废土的新硬通货的趋势。
两天后，钢铁兄弟会派信使带来了同意谈判的回信。约好第二天中午大家一起到钻石城谈判，每一方只允许有一个领袖，一个副手以及十名护卫。莱恩觉得兄弟会和游戏里区别太大，有点太好说话了。于是做了一些准备，毕竟防人之心不可无。
第二天一早，莱恩穿上新做的将军制服（旧的太大穿不了）和普雷斯顿以及十名机动民兵每个人乘坐着一台机器人往钻石城赶去。
机动民兵是莱恩刚组建不到一周的队伍，鉴于有些敌人不是半职业民兵可以对付的，所以莱恩组织了一些有丰富战斗经验的民兵作为机动部队来作为本部直属的精锐力量。
他们每个人都穿着防弹布与防弹甲结合起来的制服，并携带带着足够的武器弹药和符文石。最重要的是每个人都有一台武装过的机器人作为他们的载具和战斗伙伴。而这次谈判是经过短暂的培训后他们的第一次亮相。
到达钻石城门口后，莱恩发现铁路的人已经在那里等他们。领头的是一头金发的中年妇女，这应该就是铁路领袖戴瑟蒙娜了。
看见莱恩他们后，戴瑟蒙娜先是惊讶了一下民兵将军莱恩的年龄，然后上来握了握手说到：“非常感谢你对我们正义行为的支持，也非常感谢你们能对合成人一视同仁。”
“我们民兵致力于在这片废土上重塑秩序，铲除废土上的邪恶，所以我们肯定会对所有认同我们理念的生物一视同仁。无论他们是合成人，有智慧的尸鬼甚至是愿意与大家和平相处的变种人。”
说到这里莱恩顿了一下，然后抬头看着戴瑟蒙娜认真的说：“但是我还是希望你们不要再把那些合成人秘密投放到各个据点了，那些莫名其妙冒出来的合成人实在让我们紧张。”
“抱歉，以后不会了。学院现在愿意改变对待和成人的态度，我们也没必要让那些合成人隐姓埋名的渗透进各个据点。说真的，如果学院愿意真的改变他们的做法，那么我想铁路会在某一天真正的消失，不过我们全体成员对这种未来感到非常开心。”戴瑟蒙娜用轻松的语气说道。
正当莱恩和戴瑟蒙娜说到学院的时候，一阵蓝光闪过。奈特带着维吉尔以及追猎者们来到了钻石城门口。
虽然铁路方面的成员们依然脸色不好的看着学院一方，但是双方领袖还是握了握手表示和解。
在大家站着等了一会儿后，天边传来了发动机的声音，看来会谈最后一方钢铁兄弟会终于到了。