病毒爆发第36天，末日的阴霾依旧沉重地压在每一个幸存者心头。污水处理厂二级沉淀池，这个原本平凡无奇的地方，此刻却承载着众人对希望的寄托。
科研人员在沉淀池的铁锈上发现了铁锈红球菌（Rhodococcus erythropolis），这种神奇的细菌竟能抑制病毒复制，宛如黑暗中透出的一丝曙光。然而，要让菌群富集并非易事，它需要特定的水流速度，保持在0.3m\/s ± 0.05，最佳培养温度为32c，而这温度竟依赖腐烂丧尸体热来维持。
生存的挑战接踵而至，黑石商队凭借武力接管了水厂，部分培养槽惨遭摧毁。关键时刻，老吴挺身而出，利用废弃管道重建了恒温系统，虽然误差在±2c，但也勉强满足了菌群培养的基本条件。林晓冉则有了新发现，孕妇血清能够增强菌群活性，可这背后却隐藏着巨大风险，会使孕妇流产率上升40%，这一发现让众人陷入了两难的抉择。
在另一个角落，废弃图书馆的儿童阅览室里，一场特殊的教育实验正在进行。这里成为了文明传承的小小据点，老师们用口红在镜面上书写基础数学公式，这种可擦写的方式能重复利用，以节省珍贵的书写资源。手语教学也被纳入生存技能，除了日常交流，还包括结绳、净水、伤口缝合等实用技巧。音乐课则改为振动频率感知训练，通过地板传导节拍，让孩子们在静默中感受节奏，因为在这个充满危险的世界，发出声音可能会招来致命的丧尸。
然而，现实的冲突也在这里凸显。家长们忧心忡忡，要求优先传授武器制作技能，毕竟在当下，生存才是首要任务。图书馆内还发现了匿名绘制的丧尸解剖图，详细标注了丧尸的弱点，这一发现引发了众人的猜测和不安。周小葵私藏《基础免疫学》更是引发了知识垄断的争议，在这个知识就是力量的末日，每一点知识都可能关乎生死存亡。
为了重建秩序，以加油站为据点的“柴油法庭”应运而生。这里构建起了一套独特的司法体系，证据保存期取决于柴油储备，每1升柴油可保存证据1天。刑罚系统也颇具末日特色，轻型刑罚是清洁丧尸尸体，虽能惩罚犯错者，但感染风险高达23%；重型刑罚则是48小时隔离观察，然而误判率也有17%。
法庭上，各类要案不断。首例疫苗盗窃案发生，失窃的3毫升菌液关乎众人的生存希望；黑市胰岛素造假致人死亡事件，让人们对混乱的黑市深恶痛绝；陈默团队更是被控私藏无症状感染者，一时间人心惶惶。每一个案件都在考验着这个刚刚建立的司法体系，也考验着人们在末日中的道德与良知。
与此同时，一场空气危机悄然降临。大量腐烂的尸体导致空气中硫化氢浓度超标，仅存的防毒面具滤芯成为了战略物资，人人都渴望拥有。逆温层现象更是雪上加霜，使毒气在黎明前达到峰值，每一次呼吸都充满了危险。
面对这一环境灾难，众人积极应对。他们用自行车气泵改造简易通风系统，试图将有毒气体排出。经过探索，发现湿地芦苇丛具有天然净化功能，但需要至少2公顷的面积才能起到显着作用。老年志愿者们自发组成“人肉气象站”，通过咳嗽频率来监测空气质量，为大家提供预警。
在这艰难的时刻，“火种计划”被提上日程。众人决定在防空洞刻录基础工业知识，采用酸蚀钢板法，希望能为未来保留一丝文明的火种。种子库则采用真空分层保存，预期存活率为51%，这些种子承载着未来重建家园的希望。医疗知识以连环画的形式刻在不锈钢板上，便于人们理解和传承。
然而，在实施“火种计划”的过程中，一系列抉择摆在众人面前。是否销毁所有文学艺术类书籍以腾挪空间？毕竟在有限的空间里，每一寸都关乎着生存知识的保存。无症状感染者能否进入方舟？尤其是携带者编号41的身份揭露后，这个问题更加敏感，接纳意味着风险，拒绝又似乎违背人性。老年群体更是做出了集体绝食的决定，想要让出生存名额给更有希望的年轻人，这一悲壮的举动让所有人陷入了沉思。
章末，希望再次蒙上阴影，铁锈疫苗出现了AdE效应（抗体依赖性增强），这可能会使情况变得更加糟糕。图书馆发现了1942年的霍乱防疫手册，其中的有效方法正在验证中，不知能否为当下的困境提供帮助。黑石商队则开始贩卖“空气期货”，利用毒气浓度预测权谋取利益，让这个混乱的世界更加充满了变数。
在这个末日世界里，对病毒的了解越发深入。病毒在体外存活时间，血液中为6小时，金属表面为2小时，可用75%乙醇30秒或56c以上高温30分钟灭活。防护措施也得到升级，双层棉布加上塑料雨衣防护效果可达医用防护服的82%，自制护目镜采用汽车挡风玻璃改造，透光率为91%。医疗方面，简易血型检测法——唾液抗原测试准确率达89%，但截肢手术存活率在上肢为67%，下肢仅43%，在没有抗生素的情况下，每一次受伤都可能是致命的。
人性的冲突也在不断深化。知识阶层与体力劳动者的生存价值争论不休，一方认为知识是重建文明的关键，另一方觉得体力劳动才是当下生存的保障。儿童优先原则虽然出于保护下一代的初衷，却导致了人口结构危机，劳动力短缺问题日益严重。历史罪案档案在末日司法中的引用也引发争议，过去的法律标准在如今的末日是否依然适用？艺术创作需求与生存物资的换算比率也成为人们思考的问题，在生存都难以保障的情况下，艺术是否还有存在的必要？
一切都在等待着众人去解决，而即将到来的雨季，又将给幸存者们带来怎样的挑战？首例二代感染者（母婴垂直传播）的出现，是否意味着病毒传播进入了新阶段？太阳能蒸馏设备的集体制造工程能否成功，解决水源问题？幸存者人口普查又会引发怎样的身份危机？这一个个未知，如同沉重的包袱，压在每一个幸存者的身上，他们的命运将何去何从，无人知晓。