萨非教团于14世纪起源于阿塞拜疆，创始人为萨非·丁。15世纪中叶，萨非教团与白羊王朝合作，击败了黑羊王朝。到了1502年，萨非教团的沙赫（首领）是年仅15岁的少年伊斯玛仪一世。伊斯玛仪一世的父系是萨非教团创始人萨非·丁的后代，而从母系看则是白羊王朝创始人的外孙。
伊斯玛仪一世将长期追随他的土库曼部落整编为了一支军事力量，这支军事力量因为士兵都会戴着深红色的帽子，所以也被称为“红帽军”，其后他又集结了阿塞拜疆和土耳其东部民兵的力量，在沙鲁尔战役中，击败白羊王朝的军队，占领其首都大不里士，建立了波斯第三帝国：萨非王朝。伊斯玛仪一世立国的轨迹和居鲁士大帝如出一辙，都是把外公的政权掀翻。
为了巩固新生的政权，伊斯玛仪一世自称是穆罕默德的女儿法蒂玛与穆罕默德的继承人阿里的后代，强化了自身的神性，接着还宣称自己是萨珊王朝的后裔，巩固其波斯贵族的正统。一顿操作下，伊斯玛仪一世得到了广大什叶派穆SI林和波斯人的支持。如同第一第二波斯帝国一样，自波斯第三帝国建立即日起，波斯人就开始致力于向外扩张，向外扩张是波斯人印在血液里的狂暴基因。
自1502年起，伊斯玛仪一世逐渐收复波斯地区，到了1509年成功收复历史名城巴格达，而库尔德斯坦与亚美尼亚的众多地区也都纷纷被伊斯玛仪一世收入囊中，甚至一直信仰基督教的格鲁吉亚人也都臣服于萨非王朝。来自于土耳其东部的民兵力量，让萨非王朝开始接触了更为先进的现代化武器。
为了重现波斯帝国昔日的荣光，伊斯玛仪一世开始将目光瞄向呼罗珊地区。1509年起，伊斯玛仪一世开始与东北部以逊尼派伊SI兰为正统自居的布哈拉汗国展开大战。与布哈拉汗国的战争中，伊斯玛仪一世救出了帖木儿帝国的继承者帖木儿的六世孙同时也是未来印度莫卧儿帝国的开创者巴布尔的姐姐，因此伊斯玛仪一世和巴布尔达成了同盟。
1510年萨非王朝与布哈拉汗国在木鹿爆发了一场大战，此役萨非王朝出动四万大军，带上了从欧洲传来的火器与大炮，对阵2万兵力且装备落后的布哈拉汗国军队，其结果显然而见，萨非王朝大胜，重新夺回呼罗珊地区。
解决东部问题后，伊斯玛仪一世开始向西作战，与当时日益强大的奥斯曼帝国发生碰撞。奥斯曼帝国是信仰逊尼派伊SI兰教的突厥人国家，而伊斯玛仪一世是狂热的什叶派伊SI兰教徒，双方大战一触即发。
1514年，伊斯玛仪一世与奥斯曼时任苏丹塞利姆一世爆发了查尔迪兰战役，拉开了萨非王朝与奥斯曼帝国长达41年的战争。奥斯曼帝国出动了12万大军，加上奥斯曼帝国火器上的优势，仅仅出动6万大军的萨非王朝大败，由此丧失了库尔德斯坦与亚美尼亚西部等地区，甚至一度失去了首都大不里士。此役战败后，伊斯玛仪一世一蹶不振，开始终日酗酒。10年后，年仅38岁的伊斯玛仪一世离开了人世，在他之后继位的是其子塔赫玛斯普一世，年仅10岁。
塔赫玛斯普一世成年夺回大权，继承了父亲遗志，开始与奥斯曼帝国和布哈拉汗国展开争斗。但是战绩一般般，甚至还丢失了伊拉克地区，最后不得不在1555年与奥斯曼帝国缔结了和约。
萨非王朝第五位沙赫是阿巴斯一世，于1587年17岁时登基，在位42年，享年58岁。阿巴斯一世在位期间是萨非王朝最为显赫的年代。阿巴斯一世登上王位后，先是除掉了一部分桀骜不驯的土库曼贵族，接着又处死了扶持他上位的权臣库里汗。
在军事改革方面，阿巴斯一世逐步收回土库曼人的私人领地，废除了红帽军司令的设置，将红帽军由6万人削减为3万人，加强了中央的权威。阿巴斯一世还与英国人合作，引进了先进的火器与大炮，建立了包括格鲁吉亚人、亚美尼亚人在内的职业化近卫军，规模达到了3.7万人，由其本人指挥。1598年，阿巴斯一世迁都伊斯法罕，伊斯法罕位于波斯腹地，远离奥斯曼帝国的攻击范围，这标志着伊朗腹地取代阿塞拜疆，成为萨非波斯的政治中心，萨非王朝的波斯化逐渐代替突厥化。
除了军事改革，阿巴斯一世同样重视经济，他与英国人、葡萄牙人合作，大力发展外贸，由此带动了国内手工业的蓬勃发展。稳政局定，阿巴斯一世还派遣使团出访欧洲与俄国，与他们建立外交关系，正所谓敌人的敌人就是朋友，阿巴斯一世谋求与其他外部势力一起夹击奥斯曼帝国。