两日之后，苏峻的军队也来到建康城下。
大军既然汇聚于此，那么自然就顺理成章地展开了一场清洗。凡是在琅琊王府任过事的，从前司马睿的郎官们，除了少数世家出身之外，都被夷灭三族。而不久前刚刚被杀的刘隗、刁协、戴渊也没有逃过此劫，其兄弟妻小全部被杀，刁协曾任博士，门生众多，这些寒士出身的门生也没有被王敦放过。
随即则是论功行赏。苏峻如愿得到青徐二州牧之位，封为汲县县侯；王导仍为丞相。当然最大的赢家还要属王敦，他获准奏事不名、入朝不趋、剑履上殿，加为大将军、江扬二州牧、加侍中，都督中外诸军事。
十二月廿五日，郑阿春在建康宫中产下一子，命名为司马焕。这个刚刚出生的孩子立刻被封为琅琊王，其中深意昭然若揭。
而司马睿和太子司马昭被软禁在石头城中一角，每日虽然供给餐食，但是看守严密。好在看守者周顗还算仁厚，司马父子的吃穿用度皆与从前相同。
直到郑阿春生子的这一天，王导方才来“看望”天子。
“呵呵呵！快看，王莽来了！王莽来了！”司马睿见王导立于门前，拍手大笑起来。
王导跨过门槛，没有理会司马睿，只是问守在一旁的周顗：
“伯仁，陛下神志如此多久了？”
“自从大将军入建康以来就这样了。”
“尚能饭否？”
“衣食尚能自理，只是如五岁小儿一般。”周顗一边点头，一边叹气。
司马睿这时跳起来，抚弄着司马绍的头：“我乃天下第一大皇帝，你们怎么不下拜呢？”
周顗和王导对视一眼，无奈地跪下来：“他天天都在让我们向他下拜，几乎隔一个时辰就要来一次。陛下已经疯成这样了，就顺从他吧。”
司马绍也跪下，向父亲下拜；然而王导轻蔑一笑，依旧挺立不拜。司马睿一边笑着，一边走近王导，先是在他面上哈了一口气，上下打量一番：“王莽，嘿嘿嘿，王莽……”
“看清楚，我是王导，王茂弘；不是什么王莽。”
“你就是王莽！”司马睿突然跳起来，伸出手，死死地揪住王导的头发：“莽！莽！莽！一条大蟒蛇，怎么没有鳞片，而是长了一头毛呢？”
王导大惊，一脚将司马睿踹翻在地，见已经将他踹得只是在地上打滚呻吟之时，才又气喘吁吁地从地上捡起冠帽带上，理了理自己的衣袖，喃喃地说：
“这话倒也不完全是胡话。”
“唔……”司马睿一边叫疼，一边说道：“你这蟒蛇有什么家世？我曾祖父宣帝神文圣武，我伯祖父武帝席卷八方，比你们那蟒蛇血统不知道高贵到哪儿去了。”
“来人！陛下又犯病了，快先让他闭嘴。”
左右侍卫手忙脚乱地将司马睿按在地上，然后用棉布封住了司马睿的嘴。王导瞥见司马绍跪在一旁，涕泪纵横，眼神中满是激愤，又假笑着靠近太子：
“方才天子之言差矣，殿下可知自家家事？”
司马绍拭干眼泪，昂首道：
“我高祖宣皇帝懿文武双全，讨平诸葛亮、公孙渊；我世宗景皇帝大败诸葛恪，讨平王凌毋丘俭；我太祖文皇帝袭灭蜀国，攘除诸葛诞；至若世祖武皇帝，天下匈匈百年，遂归于一统。如此至德方有天下！”
王导冷笑一声，开始在室内踱起步子：
“你们司马家就是这种家教么？”
“丞相这是何意？”司马绍顶了回去。
王导俯下身子，他的衣冠在司马绍身上投下巨大的阴影，让年轻的太子打了个寒颤：
“要我说，你们司马家是有史以来最无耻、最无能、最邪恶的家族！你们还盘踞在帝位之上，就是对天命论最大的嘲讽！”
见司马绍吓得几乎不敢说话，王导逼近司马绍，恶狠狠地开始了他的叙述：
“你高祖宣皇帝和曹爽争位，先是装病骗过曹爽，又在高平陵政变。在洛水向曹爽发誓保他一生富贵，随后拿誓言当发屁，杀了曹爽全家！
“世宗景皇帝协助乃父阴养死士、废立天子、杀害夏侯玄，镇压毋丘俭和文钦，最后被文鸯的反击吓死！
“太祖文皇帝，那真是千古少有的恶人。袭杀天子，这是世上头一遭；在任其间残害忠良，动辄灭人九族；甚至是灭蜀的功臣，也被他逼得自相屠戮！
“到了世祖武皇帝，本来就无甚功德，先簒了大魏的帝位，又怠惰政事，沉迷女色，大封宗室。大晋的天下从一开始就不正。
“至于后来的惠帝，还有那群互杀的疯子们，那就更不用说了。看看那个在角落里呻吟的疯子吧，他都算是你们司马家最正常的一个人。但就是这个疯子，还不一定是司马家的种！我早在琅琊就听说过，他是你奶奶夏侯氏和一个姓牛的小吏生的！”
司马绍又惊又怕，向后退了两步，正摔倒在床上。他又担心自己的表情被王导猜透，索性将面庞伏在床上，哭着说：
“若真的像你所说，我晋室的国祚又怎能够长远！”
王导大笑，满意得捋了捋胡子，随后拂袖而去：
“哼！知道就好！要是吾兄王敦来了，可就没有这么温柔了。对了，伯仁，待会儿大将军要商讨伊霍之事，足下为天下名士，可不得不参加！”
周顗和司马绍怔怔地看着王导远去，空气中唯有司马睿“吃吃”的笑声。
当日稍晚，王敦和王导通知建康城中的名士们汇聚在一起，讨论废立太子之事。表面的理由是太子生得白面黄须，是个“黄须鲜卑奴”。实际的理由大家心知肚明，郑阿春刚刚生了第一个孩子，而郑阿春可是侨士一派的人。
“怎么周顗还不来？”王敦等的心里焦急。
“伯仁一贯如此，名士脾气罢了。”作为周顗好友，王导向王敦劝解道。
这时，有小吏慌张来报：“不得了了，太子不见了！”
“什么？那伯仁呢？”王敦和王导都懵了。
“有人看见周尚书与数人骑马向东而去，似要投奔京口。”
原来周顗虽然和王导亲近，但由于是从北方而来，经历过司马邺小朝廷的内斗，早就看不惯这种不顾大局篡逆的行为。后来祖逖被朝廷迁调官职，周顗更是连番进谏，但都没人听。
只是因为是侨士，所以司马睿从来不敢重用他；而又因为为人耿直，在侨士中也被边缘化了。所以作为一个吉祥物，他人微言轻，发挥不了什么作用。
这次看护司马睿父子，也是好友王导强行给他派的任务，就是用看押天子来作为周顗在侨士中的投名状。可没想到，周顗居然会把到手的投名状弃之不顾。
王敦和王导对视一眼：“快追！”
建康城中禁军骑兵精锐尽出，不过两个时辰之后，就在建康城东抓到了周顗和他的随从。王敦命人将周顗严刑拷打半日，周顗大骂不绝，坚持不透露一点太子的行踪。王导赶紧悄声劝止他的堂兄：
“伯仁此人吃软不吃硬，打是没有用的。”
他转而蹲下身子，向周顗温言说：
“周伯仁，你有负于我！”
“公领兵犯上作乱，下官管理诏狱，未能把事办好，放跑了太子，因此有负于你。”周顗反呛一句。
王导压住自己的怒气，笑着对周顗说：
“司马家的天下已经是个空架子了，伯仁何苦为它卖命？”
周顗不答。
“伯仁，我是你的老友，若是你服个软，我还能救你一命；换了别人，就是杀头的罪了。”
周顗知道自己已经完了，只求速死，索性心一横，撒谎道：
“王茂弘，你知道这几年为什么不受天子重用么？是因为我在天子哪儿说你的坏话。天子怎么可能用一个他好友都觉得品行低劣的人呢？”
王导脸上的笑容消失了，冷冷地撂下了一句：“知道了。”
王敦赶紧凑在他的耳边：“杀耶？不杀耶？”
王导不答，王敦会意，赶紧挥手道：“斩！”
随即周顗被和他的随从一并处斩。王敦担心司马绍是向东逃，跑去苏峻那里，于是下令严防死守京口瓜洲渡口，然而一连数日，都未能找到司马绍，也未能找到司马绍的尸体。
兴许是死在半路上了吧，王敦这样想。
司马绍不见踪迹，又不需要顾及周顗，那么司马睿也没有什么用了。于是结束搜查的当日，在王导的建议下，王敦进入石头城。
这一次，面对向他吐口水的司马睿，王敦不再客气，而是唤侍从取来毒酒。
“此美酒也，陛下不得不品尝！”
司马睿大叫：“不行，伯仁教我，不要乱吃他人随便给的东西。”
“啰嗦什么？叫你喝，你就喝！”王敦不耐烦了，直接按住司马睿的头，将毒酒灌入司马睿的喉咙中。司马睿挣扎了一会儿，不动了。
毒酒撒了一地。
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“帝忧惧成疾，崩于石头城。”《晋书·元帝本纪》